Stratification des symptômes digestifs, du microbiote intestinal et de l'alimentation en population générale: leviers préventifs et approches de précision pour limiter les troubles digestifs et favoriser des régimes végétalisés, sains et durables

Stratification of digestive symptoms, gut microbiota and diet in the general population: preventive levers and precision approaches to reduce digestive disorders and promote healthy, plant-based and sustainable diets

• Auteur / Autrice : Manon Sudrie
• Direction : Patrick Veiga, Marion Leclerc
• Type : Projet de thèse
• Discipline(s) : Statistiques appliquées
• Date : Inscription en doctorat le 01/10/2025
• Etablissement(s) : université Paris-Saclay
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Agriculture, Alimentation, Biologie, Environnement, Santé
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : MGP - Metagenopolis
• Partenaire(s) de recherche : Référent : AgroParisTech

Mots clés

Mots clés libres

Biostatistiques

Microbiote Intestinal

Santé digestive

Alimentation

Biostatistics

Gut microbiota

Digestive health

Nutrition

Résumé

Enjeux : Une proportion sous-estimée de la population générale souffre de symptômes digestifs, touchant jusqu'à 60 % des individus. Ces troubles sont souvent associés à des exclusions alimentaires, notamment des légumineuses et des aliments riches en gluten, contribuant ainsi au fiber gap observé en France et représentant un frein à l'adoption de régimes alimentaires plus végétalisés, sains et durables. L'objectif de ce projet est d'identifier les leviers permettant de réduire ces symptômes digestifs en population générale. Pour cela, nous nous concentrerons sur trois facteurs majeurs déterminant leur sévérité : le microbiote intestinal, l'alimentation et les profils symptomatiques. Méthode : Au vu de la forte hétérogénéité de ces facteurs, nous adoptons une approche par stratification et visons à segmenter 5 000 participants du French Gut (déjà recrutés) ne déclarant pas de maladies digestives, mais présentant des symptômes intestinaux. (WP1) Ces groupes homogènes seront définis intégrant les données relatives aux symptômes digestifs, au microbiote et à l'alimentation. Un groupe de patients atteints de syndrome de l'intestin irritable sera également analysé et servira de référence pour la population générale. (WP2) L'étude des données issues du SNDS (antibiotiques, inhibiteurs de la pompe à protons, infections digestives, etc.) permettra d'explorer la possibilité d'événements déclencheurs passés pour chacun de ces groupes et d'exclure des pathologies organiques à l'origine des symptômes. (WP3) Enfin, la reconstruction des voies métaboliques impliquées, notamment dans la fermentation des fibres et la production de gaz, permettra d'identifier des mécanismes physiopathologiques à l'origine des symptômes digestifs. Retombées : Ces analyses contribueront à identifier des leviers d'intervention, incluant des approches nutritionnelles, des probiotiques, des prébiotiques et des recommandations personnalisées, afin de réduire ces symptômes digestifs. Ce projet de thèse, à forte composante analytique, offrira à l'étudiant l'opportunité de manipuler des concepts de bioinformatique, gastro- entérologie, nutrition et épidémiologie. Il s'inscrit dans les priorités définies par la feuille de route du French Gut (WP3) et bénéficiera d'un comité industriel pour optimiser la valorisation des résultats.

An underestimated proportion of the general population suffers from digestive symptoms, affecting up to 60% of individuals. These disorders are often associated with dietary exclusions, particularly of legumes and gluten-rich foods, thereby contributing to the fiber gap observed in France and representing a barrier to the adoption of more plant-based, healthy, and sustainable diets. The objective of this project is to identify levers to reduce digestive symptoms in the general population. To this end, we will focus on three major factors influencing symptom severity: the gut microbiota, dietary habits, and symptom profiles. Given the strong heterogeneity of these factors, we adopt a stratification-based approach and aim to segment 5,000 participants from the French Gut cohort (already recruited) who do not report any diagnosed digestive diseases but experience gastrointestinal symptoms. Homogeneous subgroups will be defined by integrating digestive symptom data, gut microbiota composition, and dietary intake. A group of patients with irritable bowel syndrome (IBS) will also be analyzed as a clinical reference. Linkage with SNDS health data (e.g. antibiotics, proton pump inhibitors, gastrointestinal infections) will allow us to explore possible past triggering events and rule out underlying organic diseases. Finally, the reconstruction of metabolic pathways involved—particularly in fiber fermentation and gas production—will help identify pathophysiological mechanisms underlying digestive symptoms. These analyses will contribute to identifying actionable intervention levers, including nutritional strategies, probiotics, prebiotics, and personalized recommendations to alleviate digestive symptoms. This PhD project, with a strong analytical component, will give the student the opportunity to work across bioinformatics, gastroenterology, nutrition, and epidemiology. It aligns with the priorities defined in the French Gut roadmap and will benefit from an industrial advisory board to optimize the valorization of results.