Etude de la dynamique du cycle de vie des phages tempérés grâce au profilage des viromes intestinaux

Insights into the dynamics of temperate phages obtained by profiling gut viromes

• Auteur / Autrice : Karina Ilchenko
• Direction : Marie-Agnès Petit
• Type : Projet de thèse
• Discipline(s) : Microbiologie
• Date : Inscription en doctorat le 01/07/2024
• Etablissement(s) : université Paris-Saclay
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Agriculture, alimentation, biologie, environnement, santé (Paris ; 2015-....)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Microbiologie de l'Alimentation au Service de la Santé humaine (Jouy-en-Josas)
• Partenaire(s) de recherche : Référent : AgroParisTech (France ; 2007-....)

Mots clés

Mots clés libres

Virome intestinal

Phages tempérés

Métagénome

Gut virome

Temperate phages

Metagenome

Résumé

Les virus présents dans le système gastro-intestinal, collectivement appelés virome intestinal, émergent comme des acteurs significatifs de la santé et de la maladie, présentant des potentiels thérapeutiques prometteurs. Le but de ce projet de doctorat est de caractériser les états dormants (ou silencieux) et actifs (ou induits) des phages tempérés de l'intestin afin d'acquérir de nouvelles connaissances sur la dynamique de leur cycle de vie. Nous comparerons les viromes intestinaux obtenus par deux méthodes : l'une utilisant des métagénomes complets et l'autre utilisant un enrichissement en particules de type viral.

Viruses within the gastrointestinal system, collectively referred to as the gut virome, are emerging as significant players of health and disease, presenting promising therapeutic potentials. The aim of this PhD project is to characterize dormant (or silent) and active (or induced) states of temperate gut phages with the ultimate goal to gain novel insights into the life cycle dynamics. We will compare gut viromes obtained by two methods: one using full metagenomes and the other using viral-like-particle enrichment.