Résistance aux antimicrobiens et pathogénicité des isolats d'Enterococcus cecorum en France
Auteur / Autrice : | Jeanne Laurentie |
Direction : | Pascale Serror, Isabelle Kempf, Valentin Loux |
Type : | Thèse de doctorat |
Discipline(s) : | Microbiologie |
Date : | Soutenance le 20/12/2022 |
Etablissement(s) : | université Paris-Saclay |
Ecole(s) doctorale(s) : | École doctorale Agriculture, alimentation, biologie, environnement, santé (Paris ; 2015-....) |
Partenaire(s) de recherche : | Référent : AgroParisTech (France ; 2007-....) |
graduate school : Université Paris-Saclay. Graduate School Biosphera (2020-….) | |
Laboratoire : Microbiologie de l'Alimentation au Service de la Santé humaine (Jouy-en-Josas) | |
Jury : | Président / Présidente : Catherine Belloc |
Examinateurs / Examinatrices : Vincent Cattoir, Éric Guédon | |
Rapporteur / Rapporteuse : Vincent Cattoir, Éric Guédon |
Mots clés
Résumé
Enterococcus cecorum est une bactérie commensale et dominante dans le tractus intestinal du poulet adulte. Depuis 2002, elle est devenue une cause mondiale de boiteries chez les volailles, particulièrement chez les poulets de chair à croissance rapide. Cette bactérie est principalement responsable de spondylarthrite, mais aussi de nécrose de la tête fémorale et d’ostéomyélite. Ainsi, les infections à E. cecorum engendrent une souffrance animale et contribuent à l'utilisation d'antibiotiques, susceptibles d’entraîner des résistances. La pathogénicité d‘E. cecorum est peu étudiée et rares sont les données disponibles concernant la résistance aux antimicrobiens dans les isolats cliniques français.Dans un premier temps, nous avons analysé la diversité génétique de cette espèce et en particulier des isolats cliniques circulant dans les élevages français. Pour cela, l'étude génomique de 118 isolats d’origine principalement clinique a été réalisée. Le séquençage, l'assemblage et l'annotation de ces génomes ont permis de caractériser le core et le pan-génome de cette espèce. Les isolats cliniques semblent phylogénétiquement distincts des isolats non cliniques de volailles et forment un clade principal responsable des infections à E. cecorum en France et probablement aux Etats-Unis et en Europe. De plus, des gènes enrichis dans les génomes d'isolats cliniques ont été mis en évidence et nous avons identifié six gènes qui permettraient de déterminer l'origine clinique d'une souche dans 94% des cas. La recherche de gènes de résistance aux antibiotiques a également permis de montrer que les ICE ou îlots génomiques en sont les principaux supports génétiques.Dans un second temps, nous avons enrichi la collection avec des isolats non-cliniques isolés d’élevages français afin d’étudier les phénotypes de résistance aux antimicrobiens et déterminer les premiers seuils épidémiologiques pour la diffusion en gélose à partir de disques (DD) ou la micro-dilution en milieu liquide (MDL). Après avoir optimisé ces méthodes pour E. cecorum, nous avons déterminé des seuils pour 25 ou 20 molécules testées par DD ou MDL respectivement. Les résistances aux tétracyclines ou à certains macrolides-lincosamides-streptogramines sont fréquentes alors que les résistances aux antibiotiques d’importance en santé humaine sont rares. La confrontation des données phénotypiques avec les génomes précédemment étudiés a montré une meilleure corrélation entre la méthode DD et les gènes de résistance identifiés. Nous avons également mis en évidence des mutations pouvant être à l'origine de résistances aux fluoroquinolones.Enfin, nous avons réalisé un essai in vivo chez le poulet pour étudier la colonisation digestive et la sélection d’une souche clinique d'E. cecorum résistante à de nombreux antimicrobiens, en particulier aux glycopeptides et au narasin. Des poussins d'un jour ont été inoculés oralement avec cette souche et traités ou non par différents antimicrobiens dont la tétracycline ou le narasin. L’analyse des matières fécales a montré la persistance de la souche, mais celle-ci n’a pas été sélectionnée par l’administration de tétracycline ou de narasin. De plus, dans nos conditions, le transfert de la résistance à la vancomycine de la souche inoculée vers un autre entérocoque du microbiote intestinal n’a pas été détecté.L’ensemble des résultats de cette thèse mettent en évidence une clonalité des souches cliniques circulant en élevage en France, renseignent sur leur résistance aux antimicrobiens et permettent de proposer les premiers seuils épidémiologiques de résistance