Caractérisation de l’implication du microbiote cutané dans la différenciation épidermique
Auteur / Autrice : | Leslie Landemaine |
Direction : | Mathias Lavie-Richard |
Type : | Thèse de doctorat |
Discipline(s) : | Microbiologie |
Date : | Soutenance le 06/07/2021 |
Etablissement(s) : | université Paris-Saclay |
Ecole(s) doctorale(s) : | École doctorale Agriculture, alimentation, biologie, environnement, santé (Paris ; 2015-....) |
Partenaire(s) de recherche : | Equipe de recherche : Microbiologie de l'Alimentation au Service de la Santé humaine (Jouy-en-Josas) |
référent : AgroParisTech (France ; 2007-....) | |
Graduate School : Université Paris-Saclay. Graduate School Biosphera (2020-….) | |
Jury : | Président / Présidente : Yves Le Loir |
Examinateurs / Examinatrices : Yves Le Loir, Yves Poumay, Hélène Le Buanec, Iuliana Popa, Cécile Clavaud | |
Rapporteurs / Rapporteuses : Yves Le Loir, Yves Poumay |
Mots clés
Mots clés contrôlés
Résumé
Le microbiote cutané est l’ensemble des bactéries, levures et virus qui habitent la peau dès la naissance. Les connaissances récentes ont démontré l’association entre la diversité du microbiote et la santé de la peau. Staphylococcus epidermidis, une des bactéries de la peau produit des peptides antimicrobiens contre les pathogènes et est capable de stimuler les défenses immunes. En revanche, l’effet du microbiote et la spécificité d’action des souches sur la différenciation de l’épiderme est à ce jour mal connu. L’utilisation de modèles de co-culture en 2D (NHEK) et 3D (HSE) en présence de bactéries ou de champignons au cours de cette thèse ont permis d’étudier les interactions bactéries – peau sur de longues périodes (> 7 jours) et ainsi de décrire leurs effets sur la différenciation. Ces travaux nous ont permis de montrer par analyse transcriptomique que la colonisation avec une bactérie modèle, S. epidermidis ATCC12228, modifie significativement la différenciation de l’épiderme, en plus de la réponse à la bactérie et que cette modification est dépendante de la quantité de bactéries initialement inoculée.Un faible inoculum permet une co-culture non délétèrepour le tissu tandis qu’un inoculum élevé induit une réponse inflammatoire et un amincissement du tissu vivant. Dans un second temps, nous avons investigué les caractéristiques phénotypiques et génomiques d’une collection de 12 souches de S. epidermidis isolées sur la peau de donneurs ayants des types de peaux différents : normale, hyperséborrhéique et atopique. Nous avons montré que les souches issues de peau atopique 1/ se distinguent des autres souches cliniques par leur CORE génome, 2/ présentent une activité protéasique accrue et 3/ conduisent à une invasion des tissus (HSE) contrairement aux souches issues de peau normale. L’étude de l’activation de la voie AhR, a permis de montrer une activation opposée de cette voie en fonction de l’origine des souches et que cette activité pouvait être associée à la quantité et au type d’indoles produits par les bactéries en co-culture avec des NHEK. En conclusion les résultats présentés ici apportent une nouvelle compréhension des interactions entre S. epidermidis et la peau, en particulier comment des souches spécifiques présentes sur la peau saine pourraient contribuer à l’homéostasie cutanée.