Sélection de ferments autochthones pour la production de Salame Piemonte IGP via l’étude de son microbiote

Autochthonous starter culture selection for PGI Salama Piemonte production throug the microbiota analysis

• Auteur / Autrice : Irene Franciosa
• Direction : Jérôme Mounier, Luca Cocolin
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Microbiologie, virologie et parasitologie
• Date : Soutenance le 15/03/2021
• Etablissement(s) : Brest en cotutelle avec Università degli studi (Turin, Italie)
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Écologie Géosciences Agronomie Alimentation (Rennes ; 2016-2022)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Laboratoire universitaire de biodiversité et écologie microbienne
• Partenaire(s) de recherche : Etablissement d'accueil : Università degli studi (Turin, Italie)
• Jury : Président / Présidente : Régine Talon
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Jérôme Mounier, Luca Cocolin, Régine Talon, Giuseppe Comi, Monique Zagorec, Patrizio Tremonte
• Jury : Rapporteur / Rapporteuse : Giuseppe Comi

Mots clés

Mots clés contrôlés

Microbiologie

Saucisses

Aliments fermentés

Mots clés libres

Saucisses fermentées

Sélection de ferments

Microbiote

Mycobiote

Fermented sausages

Fermented sausages Starter cultures selection

Microbiota

Mycobiota

Résumé

La fabrication et les propriétés organoleptiques des produits fermentés artisanaux reposent sur l’activité métabolique de communautés complexes et souvent mal caractérisées. Ce projet de thèse avait pour objectif l’étude de la diversité, de la dynamique et du rôle fonctionnel du microbiote impliqué dans la fabrication d’un produit fermenté méditerranéen, le Salame Piemonte IGP. Un autre objectif était de développer de nouveaux ferments composés de souches autochtones pour améliorer la qualité globale des produits. Des méthodes culture-dépendante et –indépendante ont été appliquées sur trois lots de saucisses fermentées de manière spontanée permettant de révéler la diversité bactérienne et fongique et la dynamique microbienne du Salame Piemonte. Ce microbiote était dominé par un nombre limité d’espèces de bactéries lactiques (LAB), de staphylocoques à coagulase-négative (CNS) et de champignons. Les saucissons différaient de par leur volatilome et une forte association entre leurs attributs qualité et les souches de bactéries lactiques présentes a été mise en évidence. Enfin, des ferments issus de souches autochtones ont été développés et évalués pour la production de saucisses à l’échelle pilote et des résultats prometteurs ont été obtenus montrant ainsi l’intérêt d’utiliser des ferments autochtones pour améliorer les propriétés organoleptiques des produits.

The manufacture and sensorial properties of artisanal fermented foods relies on complex and poorly defined microbial consortia activities. This PhD research project aimed at investigating the diversity, dynamics and functional role of the microbiota involved in a specific Mediterranean fermented foods, PGISalame Piemonte. Another aim was to develop new starter cultures composed of autochthonous strains to improve overall product quality. Culture-dependent and -independent methods were applied on threedifferent batches of naturally fermented sausages allowing to decipher bacterial and fungal diversity and dynamics of Salame Piemonte which was characterized by the dominance of a limited number of lactic acidbacteria (LAB), coagulase negative staphylococci (CNS) and fungal species.Sausages from the different batches were different when the volatilome was taken into consideration, and a strong association between quality attributes and LAB strains present was determined. Finally, autochthonous starter cultures were developed and evaluated for sausage preparation at a pilot-scale and promising results were obtained showing the interest of using autochthonous starter cultures to improve product sensorial properties.