Utilisation en ferme des données de génotypage pour une gestion optimisée et durable de l'élevage laitier

On farm use of genotyping data for a sustainable and optimized management of dairy breeding

• Auteur / Autrice : Marie Bérodier
• Direction : Vincent Ducrocq
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Génétique animale
• Date : Soutenance le 30/01/2020
• Etablissement(s) : université Paris-Saclay
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Agriculture, alimentation, biologie, environnement, santé (Paris ; 2015-....)
• Partenaire(s) de recherche : établissement de préparation de la thèse : AgroParisTech (France ; 2007-....)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Génétique animale et biologie intégrative (Jouy-en-Josas,Yvelines ; 2009-....)
• Jury : Président / Présidente : Xavier Rognon
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Xavier Rognon, Tom Druet, Catherine Larzul, Christine Fourichon, Maëlle Philippe
• Jury : Rapporteur / Rapporteuse : Tom Druet, Catherine Larzul

Mots clés

Mots clés contrôlés

Sélection artificielle

Identification

Génotype

Modèles mathématiques

Bovins -- Reproduction (biologie)

Amélioration génétique

Production laitière

Montbéliarde (race bovine)

Mots clés libres

Sélection

Optimisation

Durabilité

Génotypage

Interaction GxE

Bovins laitiers

Selection

Optimization

Sustainability

Genotyping

GxE interaction

Dairy cattle

Résumé

Depuis une dizaine d’années, de nouvelles méthodes d’estimation du niveau génétique des bovins sont proposées aux éleveurs de race Montbéliarde. Ces méthodes reposent sur le génotypage des individus, c’est-à-dire la lecture du génome en certains points-clés afin de connaitre une partie de ses caractéristiques. Ces informations peuvent être utilisées au cours de la vie de l’animal pour choisir le meilleur partenaire afin de produire une descendance conforme aux attentes de l’éleveur.Par une augmentation de la fiabilité et le large éventail des informations à disposition pour planifier et optimiser les accouplements à venir, le génotypage des femelles permet un plus grand progrès génétique, un plus faible apparentement des couples et un risque de concevoir un embryon atteint d’anomalie génétique diminué. La prise en compte des objectifs de sélection spécifiques du système d’élevage où évolue le troupeau permet d’améliorer encore ces résultats.

Over the last 10 years, new methods have emerged for farmers to estimate the genetic level of their Montbéliarde cattle. These methods rely on the genotyping of animals, an approach to read and interpret key parts of their genome. This genomic information can be used during the entire life of the animal in order to find the best mate to produce offspring according to the farmer’s expectations.Female genotyping allows for a higher genetic gain, a smaller mate co-ancestry and a reduced risk to conceive an embryo affected by a genetic defect thanks to more complete and reliable information to be used to optimize the matings. Considering farming systems specific breeding objectives when planning the matings further improves these results.