Caractérisation des paramètres génétiques de la résistance à certains agents infectieux chez l'huître creuse, Crassostrea gigas, dans le cadre des mortalités massives

Genetic parameters characterization of the resistance to certain infectious agents in cupped oyster, Crassostrea gigas, in the context of mass mortalities

• Auteur / Autrice : Patrick Azema
• Direction : Tristan Renault, Pierre Boudry
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Génétique animale
• Date : Soutenance le 22/05/2018
• Etablissement(s) : Paris, Institut agronomique, vétérinaire et forestier de France
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Agriculture, alimentation, biologie, environnement, santé (Paris ; 2015-....)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Laboratoire de Génétique et Pathologie des Mollusques Marins (La Tremblade, Charente-Maritime) - AgroParisTech (France ; 2007-....)
• Jury : Président / Présidente : Etienne Verrier
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Etienne Verrier, Carole Moreno-Romieux, Pierre Boudinot, Lionel Dégremont, Pierrick Haffray
• Jury : Rapporteur / Rapporteuse : Carole Moreno-Romieux, Pierre Boudinot

Mots clés

Mots clés contrôlés

Vibrio aestuarianus

Crassostrea gigas

Tests

Sélection artificielle

Analyse

Mortalité

Huîtres -- Industrie et commerce

Mots clés libres

Crassostrea gigas

Herpesvirus

Vibrions

Résistance aux maladies

Épreuves pathologiques

Sélection

Crassostrea gigas

Herpesvirus

Vibrios

Disease resistance

Challenge

Selection

Résumé

L'objectif de la thèse portera sur la caractérisation des bases génétiques de la résistance à certains agents infectieux chez l'huître creuse, Crassostrea gigas, dans le cadre des mortalités massives de naissain. Des travaux réalisés précédemment à l'Ifremer ont permis de mettre en évidence un composante génétique de la survie du naissain d'huître creuse en conditions d'élevage sur estran ou en conditions expérimentales. La caractérisation de lignées sélectionnées comme présentant des taux de survie contrastées en conditions d'élevage sur estran (« résistantes » ou « sensibles ») a permis de préciser les bases physiologiques de cette composante génétique ou leur résistance/sensibilité à certains agents pathogènes suite à des mortalités subies dans le milieu. Depuis 2008, les épisodes de mortalités d'huîtres creuses se sont aggravés, avec en particulier une distribution géographique plus large, et l’implication d'agents infectieux (virus et bactéries) a été précisée. De plus, les protocoles développés en pathologie expérimentale permettent aujourd'hui de disposer de tests pour estimer spécifiquement le niveau de sensibilité à certains agents infectieux (virus OsHV-1 et vibrions). Ainsi, dans le cadre du projet européen Bivalife (FP7, 2011-2013), des familles biparentales (croisement de type factoriel générant des relations plein-frère et demi-frères) ont été produites au sein du Laboratoire de Génétique et Pathologie (Ifremer, La Tremblade) et le comportement de ces familles, en particulier en matière de sensibilité à différents agents infectieux (virus OsHV-1 et vibrions) et de survie, a été étudié au travers de tests d'épreuves pathologiques spécifiques. Ce matériel biologique une fois caractérisé, des familles à comportement extrême pour la mortalité induite par des agents infectieux sont conservées (à l'abri des mortalités) pour la production d'une génération sélectionnée en 2013. D'autre part, dans le cadre du projet SCORE, financé suite à l'appel à projet « Programme de sélection et d’amélioration de la ressource ostréicole » lancée par la direction des pêches maritime et de l'aquaculture (DPMA) en juin 2011, des familles biparentales sont et seront produites en 2012 et 2013 dans les installations d'élevages de la Plateforme régionale d'innovation (PRI) ostréicole de Bouin (Vendée). Ce projet est coordonnée par le Comité national de la conchyliculture (CNC) avec notamment pour partenaire le Syndicat des sélectionneurs avicoles et aquacoles français (SYSAAF) et l'Ifremer. Selon l'avancement de la sélection pour le taux de mortalité sur estran, certaines familles seront choisies pour tester leur sensibilité en conditions de laboratoire. Les paramètres génétiques du caractère de sensibilité à différents agents infectieux (virus OsHv-1 et vibrions) seront ainsi estimés par des test d'épreuve en pathologie expérimentale en utilisant du matériel biologique produit dans le cadre des projets Bivalife (45 familles biparentales produites à l'écloserie Ifremer de la Tremblade) et SCORE (familles biparentales produites dans les installations de Bouin). Des caractérisation phénotypiques complémentaires aux niveaux cellulaires et moléculaires pourront également être réalisées. En complément, le niveau de dominance de cette sensibilité pourrait être estimées selon le matériel biologique disponible (familles à produire en 2013).

The aim of the thesis is the characterization of genetic basis of resistance to certain infectious agents in the Pacific oyster, Crassostrea gigas, in the context of mass mortalities of spat. Previous work at Ifremer highlighted a genetic component to the survival of oyster spat in the field rearing conditions or experimental conditions. Characterization of selected lines having contrasted survival rates in rearing conditions ('resistant' or 'sensitive') clarified the physiological basis of this genetic component or of their resistance/susceptibility to certain pathogens coming after mortalities experienced in the environment. Since 2008, mortality outbreaks of oysters worsened, in particular with a wider geographical distribution, and the involvement of infectious agents (viruses and bacteria) has been identified. In addition, with protocols developed in experimental pathology, it is now possible to assess specifically the level of resistance or susceptibility to certain infectious agents (OsHv-1 and vibrios). Thus, in the framework of the European project Bivalife (FP7, 2011-2013), two-parent families were produced (with factorial crosses, generating full-sib and half-sib families) in the Laboratory of Genetics and Pathology (Ifremer, Tremblade) and the behavior of these families, especially in terms of survival and sensitivity to various infectious agents (OsHv-1 and vibrios) was studied through pathological challenges. Once this biological material characterized, families with extreme behavior for induced mortality by infectious agents were stored (protected from mortality) for a selected generation production in 2013. On the other hand, in the SCORE project, funded following the call for proposals “selection and resource improvement program in oyster' launched by the Maritime Directorate of Fisheries and Aquaculture (DPMA) in June 2011, two-parent families are and will be produced in 2012 and 2013 in the facilities of the Regional Innovation Platform (PRI) in Bouin (Vendée). This project is coordinated by the Shellfish National Committee (CNC) including partners such as the French poultry and aquaculture breeders syndicate (SYSAAF) and Ifremer. Depending on the progress of selection for the mortality rate in the field, some families will be selected to test their sensitivity in laboratory conditions. Genetic parameters of the character of sensitivity to various infectious agents (OsHV-1 and vibrios) will thus be estimated by experimental challenge with the biological materials produced in the projects Bivalife (45 two-parent families produced in the Ifremer hatchery at La Tremblade) and SCORE (two-parent families produced in Bouin facilities). Complementary phenotypic characterization at cellular and molecular levels may also be performed. In addition, the level of dominance of this sensitivity could be estimated based on available biological material (families to produce in 2013).