Caractérisation d'une forme extracellulaire soluble de la protéase PrtS chez Streptococcus thermophilus 4F44. Mise en évidence et détermination de ses sites de coupure sur les caséines

Characterization of a soluble form of extracellular protease PrtS in Streptococcus thermophilus 4F44 and determination of cleavage sites on caseins

• Auteur / Autrice : Oun Ki Chang
• Direction : Gérard Humbert, Annie Dary
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Sciences agronomiques
• Date : Soutenance le 26/10/2011
• Etablissement(s) : Vandoeuvre-les-Nancy, INPL
• Ecole(s) doctorale(s) : RP2E - Ecole Doctorale Sciences et Ingénierie des Ressources, Procédés, Produits, Environnement
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Unité de recherche animal et fonctionnalités des produits animaux (Vandoeuvre-les-Nancy)
• Jury : Président / Présidente : Pascal Degraeve
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Gérard Humbert, Annie Dary, Pascal Degraeve, Jean-Marc Chobert, Jean-Luc Gaillard, Clarisse Perrin
• Jury : Rapporteur / Rapporteuse : Jean-Marc Chobert, Jean-Luc Gaillard

Mots clés

Mots clés contrôlés

Streptococcus thermophilus

Peptides

Protéines -- Fractionnement

Caséine

Protéases

Mots clés libres

Streptococcus thermophilus

Protéase PrtS

Forme soluble

Sortase A

Site de coupure des caséines

Peptides bioactifs

Streptococcus thermophilus

Protease PrtS

Soluble form

Sortase A

Cleavage sites of caseins

Bioactive peptides

Résumé

Parmi 30 souches, seule 4F44 excrète une activité dans son milieu de culture qui ne résulte pas de la présence de protéases intracellulaires due à une lyse cellulaire.D’après le séquençage N-ter, l’enzyme soluble chez 4F44 est PrtS retrouvée sous deux formes (non mature et mature) à la fois ancrée (60%) et soluble (40%).Sa séquence protéique déduite de prtS est proche de celles de LMD-9 (97% identité), CNRZ385 (98%), JIM8232 (96%) et S. suis (97%) chez qui elle est toujours ancrée. Le domaine d’ancrage contenant LPNTG est conservé chez 4F44, LMD-9, CNRZ385 et S. suis ; ainsi elle serait ancrée au peptidoglycane par la sortase A (SrtA). Chez 4F44, l’absence d’une duplication peptidique imparfaite dans le prodomaine de PrtS pourrait expliquer sa libération partielle, en effet LMD-9 présentant cette duplication possède sa protéase PrtS uniquement sous forme ancrée.La comparaison de la séquence de la sortase déduite du gène de 4F44, ND03, LMD-9, PB18O, PB302 et CNRZ307 a montré que les sites catalytique et actif sont conservés. Seuls 6 résidus d’acides aminés sont différents, la substitution chez 4F44 de I222 par V222 entraînerait sa libération partielle. Les peptides trypsiques C-ter QVTQLPNTGENDTK et QVTQLPNTGENDTKYYLVPGVIIGLGTLLVSIRR ont été identifiés en MS/MS, donc la liaison TG (cible de l’activité peptidasique de SrtA) n’est pas hydrolysée. La caséine β est la caséine préférentiellement hydrolysée. L’enzyme présente une large spécificité de coupure (A, L, M, F, Y, W, V, S, T, N, Q, R, H et K en position P1). Globalement elle libère 33 peptides bioactifs : ECA-inhibiteurs, mitogènes, opioïdes, immunomodulants, antibactériens, antioxydants, antimutagènes

Among 30 strains, only 4F44 strain releases a activity in the medium which does not results from the presence of intracellular protease due to cell lysis. This soluble protease is PrtS in two forms (non mature and mature), 60% as anchored to cell wall and 40% as released in the medium. The protein sequence deduced from the gene is slightly different to those of LMD-9 (97% identity), CNRZ385 (98%), JIM8232 (96%), S. suis (97%). The protein sequence of the anchor domain including LPNTG is conserved as for LMD-9, CNRZ385 and S. suis ; so this PrtS might be anchored to peptidoglycan by sortase A (SrtA).In 4F44, the absence of an imperfect duplication of a peptide sequence at prodomain of PrtS could explain the partial liberation, furthermore, the LMD-9 strain which presents this duplication possess the protease PrtS only the anchored form.Comparison of protein sequence deduced from the srtA gene in 4F44, ND03, LMD-9, PB18O, PB302 and CNRZ307 strains showed that the residues of the catalytic and active sites are conserved. Six amino acids are different for 4F44, I222 replaced by a V222 possibly leads to the partial liberation of PrtS. The trypsic C-ter peptides QVTQLPNTGENDTK and QVTQLPNTGENDTKYYLVPGVIIGLGTLLVSIRR have been identified by MS/MS, indicating that the peptide bond of T and G (target of endopeptidasic activity of Srt A) is not hydrolyzed.β-casein is preferentially degraded in comparison to other caseins. Soluble PrtS has a broad specificity against A, L, M, F, Y, W, V, S, T, N, Q, R, H and K at position P1. Globally, it releases 33 bioactive peptides (antihypertensives, mitogenics, oipoide, immunomodulantors, antimicrobials, antioxydants, antimutagens)