Méthodes et algorithmes pour reconstruire les arbres de l'Evolution

Methods and algorithms for reconstructing the trees of evolution

• Auteur / Autrice : Vincent Berry
• Direction : Olivier Gascuel
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Mathématiques appliquées
• Date : Soutenance en 1997
• Etablissement(s) : Montpellier 2

Mots clés

Mots clés contrôlés

Simulation, Méthodes de

Optimisation combinatoire

Échantillonnage (statistique)

Bootstrap (statistique)

Arbres (théorie des graphes)

Algorithmes

Méthodes statistiques

Phylogénie

Histoire -- Méthodes statistiques

Évolution (biologie)

Résumé

Nous proposons des methodes pour retrouver l'histoire evolutive des especes. Cette histoire est representee sous la forme d'un arbre dont les differentes aretes (branches) designent les differents groupes d'especes. Nous nous attachons plus particulierement ici a proposer une estimation robuste de cet arbre, i. E. , a ne proposer que des aretes fiables, quitte a ne retrouver qu'une partie de l'histoire des especes. Les methodes que nous proposons se divisent en deux categories : les methodes descendantes partent d'une topologie complete de laquelle elles enlevent les aretes non sures ; les methodes ascendantes inferent d'emblee une phylogenie ne contenant que des aretes jugees fiables. Les methodes descendantes que nous proposons reposent sur la technique du bootstrap (un procede de reechantillonnage). Les methodes ascendantes que nous proposons reposent sur un principe d'optimisation combinatoire lie aux quadruplets d'especes : on infere d'abord des phylogenies sur quatre especes, qu'on cherche ensuite a combiner en une phylogenie sur l'ensemble des especes, de facon a optimiser un certain critere. Diverses simulations montrent que les methodes ascendantes et descendantes que nous proposons obtiennent de meilleurs resultats que les methodes habituellement utilisees pour reconstruire l'arbre d'evolution des especes.