Algorithmes  Algorithmes bio-inspirés  Algorithmes d'approximation  Algorithmes optimaux  Algorithmes paramétrés  Algorithmique  Alignement  Analyse Formelle de Concepts  Analyse cladistique  Analyse des données  Analyse stochastique  Analyses évolutives  Annotation fonctionnelle  Apprentissage automatique  Apprentissage des concepts  Apprentissage supervisé  Arbres  Arbres  Archées  Archéobactéries  Aridité  Biais d'usage du code  Bioinformatique  Bootstrap  Domaines protéiques  Estimation de paramètres  Markov, Processus de  Optimisation  Optimisation combinatoire  Paludisme  Phylogénie  Séquence des acides aminés  VIH  Évolution  Évolution  Évolution moléculaire  

Olivier Gascuel a dirigé les 25 thèses suivantes :

Méthodes de découverte de nouveaux domaines dans les séquences biologiques : application à Plasmodium falciparum

par Christophe Menichelli sous la direction de Olivier Gascuel et de Laurent Bréhélin . - Montpellier

Informatique

Soutenue le 26-11-2019

Phylodynamique des pathogènes viraux par calcul bayésien approché

par Emma Saulnier sous la direction de Samuel Alizon et de Olivier Gascuel . - Montpellier

Sciences de l'évolution et de la biodiversité

Soutenue le 28-11-2017

Bioinformatique des gènes chevauchants; application à la protéine antisens ASP du VIH-1

par Elodie Cassan sous la direction de Antoine Gross et de Olivier Gascuel . - Montpellier

Biologie Santé

Soutenue le 02-12-2016

Méthodes pour l'identification de domaines protéiques divergents

par Amel Ghouila sous la direction de Olivier Gascuel , Laurent Bréhélin et de Sadok Ben Yahia . - Montpellier 2

Informatique

Soutenue le 16-12-2013

Evolution du VIH : méthodes, modèles et algorithmes

par Matthieu Jung sous la direction de Olivier Gascuel et de Martine Peeters . - Montpellier 2

Informatique

Soutenue le 21-05-2012

Recherche de domaines protéiques divergents à l'aide de modèles de Markov cachés : application à Plasmodium falciparum

par Nicolas Terrapon sous la direction de Olivier Gascuel et de Laurent Bréhélin . - Montpellier 2

Informatique

Soutenue le 03-12-2010

Optimisation de potentiels statistiques pour un modèle d'évolution soumis à des contraintes structurales

par Cécile Bonnard sous la direction de Olivier Gascuel - Montpellier 2

Informatique

Soutenue le 05-01-2010

Supertree methods for phylogenomics

par Céline Scornavacca sous la direction de Olivier Gascuel - Montpellier 2

Informatique

Soutenue en 2009

Approches combinatoires pour le consensus d'arbres et de séquences

par Sylvain Guillemot sous la direction de Olivier Gascuel et de Vincent Berry . - Montpellier 2

Informatique

Soutenue en 2008

Recherche de nouvelles hormones peptidiques codées par le génome humain

par Olivier Mirabeau sous la direction de Olivier Gascuel - Montpellier 2

Biologie. Santé

Soutenue en 2008

Reconstruction phylogénétique par analyse bayésienne des séquences moléculaires

par Samuel Blanquart sous la direction de Olivier Gascuel et de Nicolas Lartillot . - Montpellier 2

Informatique

Soutenue en 2007

Étude et inférence d'arbres de duplication en tandem

par Denis Bertrand sous la direction de Olivier Gascuel - Montpellier 2

Informatique

Soutenue en 2005

Alignement, séquence, consensus, recherche de similarités : complexité et approximabilité

par François Nicolas sous la direction de Olivier Gascuel - Montpellier 2

Informatique

Soutenue en 2005

Méthodes et algorithmes pour l'approche statistique en phylogénie

par Stéphane Guindon sous la direction de Olivier Gascuel - Montpellier 2

Biologie. Santé

Soutenue en 2003

Comparaison de séquences répétées en tandem et application à la génétique

par Sèverine Bérard sous la direction de Olivier Gascuel - Montpellier 2

Informatique

Soutenue en 2003

Méthodes efficaces pour reconstruire de grandes phylogénies suivant le principe du maximum de vraisemblance

par Vincent Ranwez sous la direction de Olivier Gascuel - Montpellier 2

Informatique

Soutenue en 2002

Modèles de Markov cachés et apprentissage pas fusions d'états : algorithmes, applications, utilisations pour le test de circuits intégrés

par Laurent Bréhélin sous la direction de Olivier Gascuel - Montpellier 2

Informatique

Soutenue en 2001

Méthodes et algorithmes pour le test intégré de circuits VLSI combinatoires

par Christophe Fagot sous la direction de Olivier Gascuel - Montpellier 2

Informatique

Soutenue en 2000

Apprentissage de formules logiques de taille limitée : aspects théoriques, méthodes et résultats

par Richard Nock sous la direction de Olivier Gascuel - Montpellier 2

Informatique

Soutenue en 1998

Apprenabilité de classes de concepts structurés

par Pascal Jappy sous la direction de Olivier Gascuel - Montpellier 2

Informatique

Soutenue en 1997

Estimation par intervalle d'une distance évolutive

par Guillaume Andrieu sous la direction de Olivier Gascuel - Montpellier 2

Informatique

Soutenue en 1997

Méthodes et algorithmes pour reconstruire les arbres de l'Evolution

par Vincent Berry sous la direction de Olivier Gascuel - Montpellier 2

Mathématiques appliquées

Soutenue en 1997

Les termes : un modèle de représentation et structuration de données symboliques

par Marie-Christine Daniel-Vatonne sous la direction de Olivier Gascuel - Montpellier 2

Informatique

Soutenue en 1993

Utilisation d'algorithmes stochastiques en apprentissage

par Fernando De Carvalho Gomes sous la direction de Olivier Gascuel - Montpellier 2

Informatique

Soutenue en 1992

Lezard : Acquisition des connaissances et gestion de l'incertitude dans un système expert de seconde génération

par Jean Charlet sous la direction de Olivier Gascuel - Paris 6

Sciences appliquées

Soutenue en 1989

Olivier Gascuel a été président de jury des 2 thèses suivantes :

Étude bioinformatique de l'évolution de l'usage du code génétique

par Fanny Pouyet sous la direction de Laurent Guéguen , Dominique Mouchiroud et de Marc Bailly-Bechet . - Lyon

Biologie

Soutenue le 13-09-2016

Une problématique de découverte de signatures de biomarqueurs

par Lilia Abtroun Hamlaoui Belmouloud sous la direction de Jean Sallantin - Montpellier 2

Informatique

Soutenue le 12-12-2011

Olivier Gascuel a été rapporteur de la thèse suivante :

Résurrection du passé à l’aide de modèles hétérogènes d’évolution des séquences protéiques

par Mathieu Groussin sous la direction de Manolo Gouy - Lyon 1

Biologie évolutive et évolution moléculaire

Soutenue le 08-11-2013

Olivier Gascuel a été membre de jury des 2 thèses suivantes :

From sequences to knowledge, improving and learning from sequence alignments

par Luc Blassel sous la direction de Rayan Chikhi - Sorbonne université

Génétique et génomique

Soutenue le 02-12-2022

Détection de l’évolution convergente à l’échelle génomique : développement de méthodes et étude des adaptations indépendantes à la vie en milieu aride chez les rongeurs

par Carine Rey sous la direction de Marie Sémon - Lyon

Sciences de la vie

Soutenue le 04-11-2019