Outil d'analyse et clés d'interprétation toxicologique de réponses transcriptomiques temps- et dose-dépendantes : conception à partir de l'effet du di-n-butyl phtalate sur Daphnia magna et Danio rerio

Analysis Tool and Toxicological Interpretation Keys for Time- and Dose-Dependent Transcriptomic Responses: Design Based on the Effect of Di-n-butyl Phthalate on Daphnia magna and Danio rerio

• Auteur / Autrice : Ellis Franklin
• Direction : Elise Billoir, Marie Laure Delignette-muller
• Type : Projet de thèse
• Discipline(s) : Ecotoxicologie, Biodiversité, Ecosystèmes
• Date : Inscription en doctorat le 04/10/2023
• Etablissement(s) : Université de Lorraine
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale SIReNa - Science et ingénierie des ressources naturelles (Lorraine ; 2018-....)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : LIEC - Laboratoire Interdisciplinaire des Environnements

Mots clés

Mots clés libres

RNA-seq

Données en serie

Enrichissement fonctionnelle

Partitionnement des données

Ecotoxicologie

RNA-seq

Series data

Functional enrichment

Clustering

Ecotoxicology

Résumé

La toxicologie environnementale vise à comprendre les impacts d'une contamination, et identifier les cascades d'effets adverses depuis l'expression des gènes jusqu'aux répercussions sur la santé des organismes. Ce projet de thèse vise au développement méthodologique et logiciel. Face à des données « omiques » très coûteuses et d'une grande complexité, il est crucial de développer des outils dédiés à leur analyse et des clés d'interprétation, et de les partager. Le projet s'appuiera sur l'étude de la réponse transcriptomique à l'exposition au composé perturbateur endocrinien di-n-butyle phtalate (DBP) de Danio rerio (données dose-réponse acquises récemment au LIEC dans le cadre d'un projet porté par Sophie Prud'homme - LIEC) et Daphnia magna (données temps-dose-réponse en cours d'acquisition dans le cadre d'un projet ANR « jeune chercheur » porté par Elise Billoir - LIEC). L'étude de ce dernier jeu de données, unique en son genre, constituera un excellent support pour développer une méthode d'analyse non ciblée visant à mettre en évidence des modes d'action potentiels qui seront ensuite validés par des expérimentations ciblées réalisées par le doctorant dans le courant de sa thèse

Environmental toxicology aims to understand the impacts of contamination and identify cascades of adverse effects from gene expression to the health repercussions on organisms. The project aims for a methodological and software development. Given the highly costly and complex nature of 'omics' data, it is crucial to develop dedicated tools for their analysis and interpretation, and to share them. The project will be based on the study of the transcriptomic response to exposure to the endocrine-disrupting compound di-n-butyl phthalate (DBP) in Danio rerio (dose-response data recently acquired at the LIEC as part of a project led by Sophie Prud'homme - LIEC) and Daphnia magna (time-dose-response data currently being acquired as part of an ANR 'young researcher' project led by Elise Billoir - LIEC). The study of this unique dataset will provide excellent support for developing an untargeted analysis method aimed at highlighting potential modes of action, which will then be validated by targeted experiments conducted by the doctoral candidate during the course of their thesis.