Etude de la virulence et de la persistance de Vibrio harveyi en aquaculture par approche moléculaire, métagénomique et transcriptomique

Study of the virulence and persistence of Vibrio harveyi in aquaculture using a molecular, metagenomic and transcriptomic approach

• Auteur / Autrice : Alix Da fonseca ferreira
• Direction : Thierry Grard, Cedric Lebris
• Type : Projet de thèse
• Discipline(s) : Biotechnologies agroalimentaires, science de l'aliment
• Date : Inscription en doctorat le 26/08/2021
• Etablissement(s) : Littoral
• Ecole(s) doctorale(s) : Sciences, Technologie, Santé
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : UMR Transfrontalière BioEcoAgro

Mots clés

Mots clés libres

Aquaculture

Vibriose

Étude spatio-temporelle

Paramètres environnementaux

Flore totale

Virulence

Aquaculture

Vibriosis

Spatio-temporal study

Environmental parameters

Total flora

Virulence

Résumé

L'entreprise Aquanord-Ichtus, pratiquant l'élevage du bar (Dicentrarchus labrax), fait face à des épisodes de mortalité liés à la vibriose, pathologie causée par les bactéries du genre Vibrio et en particulier Vibrio harveyi. Ce projet fait suite à la thèse de Julia MOUGIN (2017–2020) portant sur l'identification des Vibrio au sein de la ferme aquacole et l'étude de la dynamique de V. harveyi sous forme planctonique et de biofilms. Ce travail a permis d'identifier plus de 200 isolats de V. harveyi et a souligné leur persistance sur le site sous forme de biofilms. L'objectif premier de ce projet vise à compléter cette collection de V. harveyi, via une campagne d'échantillonnage, à différentes profondeurs sur les parois des bassins afin d'en représenter la diversité environnementale. Le deuxième objectif consistera, sur les souches précédemment isolées de V. harveyi et sur les souches vaccinales utilisées par l'entreprise, à rechercher différents gènes de virulence et de résistance aux antibiotiques par PCR et séquençage haut débit. Les souches ayant le meilleur potentiel de virulence seront sélectionnées et le troisième objectif sera d'étudier leurs capacités à former des biofilms par microscopie confocale. Le dernier objectif consistera, chez ces souches, à étudier l'influence de l'environnement biotique (cultures bactériennes mixtes) et abiotique (luminosité, concentration en O2, pH) sur l'expression des gènes de virulence. La finalité du projet est donc l'identification de la menace actuelle et future dans les bassins d'élevage, dans un contexte actuel de réchauffement climatique. Le travail mené permettra aussi d'apporter des réponses quant aux risques liés à l'antibiorésistance pour les poissons mais aussi pour les consommateurs.

The Aquanord-Ichtus company, which breeds sea bass (Dicentrarchus labrax), is facing mortality episodes linked to vibriosis, a pathology caused by bacteria of the genus Vibrio and in particular Vibrio harveyi. This project follows on from Julia MOUGIN's PhD (2017-2020) on the identification of Vibrio within the aquaculture farm and the study of the dynamics of V. harveyi in planktonic and biofilm form. This work enabled the identification of more than 200 isolates of V. harveyi and highlighted their persistence on the site in the form of biofilms. The primary objective of this project is to complete this collection of V. harveyi, via a sampling campaign, at different depths on the walls of the ponds in order to represent their environmental diversity. The second objective will be to search for different virulence and antibiotic resistance genes in previously isolated strains of V. harveyi and in the vaccine strains used by the company, using PCR and high-throughput sequencing. The strains with the best virulence potential will be selected and the third objective will be to study their ability to form biofilms by confocal microscopy. The last objective will be to study the influence of the biotic (mixed bacterial cultures) and abiotic (luminosity, O2 concentration, pH) environment on the expression of virulence genes in these strains. The aim of the project is therefore to identify the current and future threat in breeding basins, in a context of global warming. The work carried out will also make it possible to provide answers to the risks linked to antibiotic resistance for fish and also for consumers.