Etude de la réponse de Lactobacillus paracasei à des perturbations environnementales par une approche de génétique globale inverse

Study of L. paracasei response to environmental stresses using a global reverse genetic approach

• Auteur / Autrice : Aurore Palud
• Direction : Jean-François Cavin, Laurent Beney
• Type : Projet de thèse
• Discipline(s) : Biotechnologies agro-alimentaires
• Date : Inscription en doctorat le 19/10/2015
• Etablissement(s) : Bourgogne Franche-Comté
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Environnements, Santé (Dijon ; Besançon ; 2012-....)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM) (Dijon)

Mots clés

Mots clés libres

Lactobacillus paracasei

Mutants par transposition

Réponse au stress

Séchage

Expression de gènes

Lactobacillus paracasei

Transposon mutants

Stress response

Drying

Gene expression

Résumé

Lactobacillus casei, espèce emblématique de bactéries lactiques d’intérêt alimentaire et santé, persiste dans des environnements naturels et technologiques très divers, et ce malgré des variations hydriques fortes et la compétition des autres bactéries de l’écosystème. Toutefois, les voies permettant cette persistance ne sont pas identifiées. Ce projet de thèse ambitionne d’élucider les mécanismes génétiques et physiologiques nécessaires à l’adaptation de L. casei à ces variations environnementales et d’en établir la chronologie lors des phases de déshydratation et de réhydratation. De plus, ses capacités d’inhibition de pathogènes (Listeria, Salmonella, …), déjà démontrées dans la bibliographie, seront étudiées dans le cadre de ces perturbations. Ce projet repose sur les expertises complémentaires des encadrants (mécanismes biophysiques de déshydration, microscopie optique haute résolution, physiologie bactérienne, biologie moléculaire et cellulaire) et bénéficie d’une banque de mutants de L. casei annotée réalisée récemment dans l’équipe. Bien que sa vocation première soit fondamentale, ce projet devrait contribuer au développement de procédés innovants dans les domaines de la production/préservation des ferments bactériens, de la bioprotection des consommateurs et de la préservation des aliments.

Lactobacillus casei, an emblematic species of lactic acid bacteria with food and heath interests, is able to persist in a variety of natural and technological environments, despite strong hydric changes and competition with other bacteria in the ecosystem. However, the ways permitting this high persistence are not identified. This PhD project aims to understand genetic and physiological mechanisms that enable L. casei adaptation to these environmental changes and to establish their chronology during dehydration and rehydration phases. In addition, its ability to inhibit pathogens (Listeria, Salmonella, ...), which is already demonstrated in the literature, will be studied in the context of these disturbances. This project is based on the complementary expertise of the supervisors (biophysical mechanisms of dehydratation, high-resolution optical microscopy, bacterial physiology, molecular and cellular biology) and benefits from a L. casei mutant annotated library recently constructed by the team. Although its primary purpose is fundamental, this project could lead to innovative processes in the production/preservation of bacterial starters, in bioprotection of consumers, and in food preservation.