Optimisation d'une approche de thérapie génique pour la glycogénose de type III basée sur des vecteurs viraux de type adéno-associés

Optimization of a gene therapy approach for glycogen storage disease type III using recombinant adeno-associated viral vectors

• Auteur / Autrice : Antoine Gardin
• Direction : Giuseppe Ronzitti, Fabienne Rajas
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Biotechnologies
• Date : Soutenance le 04/07/2023
• Etablissement(s) : université Paris-Saclay
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Structure et Dynamique des Systèmes Vivants
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Approches génétiques intégrées et nouvelles thérapies pour les maladies rares (Evry, Essonne)
• Partenaire(s) de recherche : référent : Université d'Évry-Val-d'Essonne (1991-....)
• Partenaire(s) de recherche : graduate school : Université Paris-Saclay. Graduate School Life Sciences and Health (2020-....)
• Jury : Président / Présidente : Emmanuel Gonzales
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Pasquale Piccolo, Caroline Le Guiner, Gloria González Aseguinolaza
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Pasquale Piccolo, Caroline Le Guiner

Mots clés

Mots clés contrôlés

Thérapie génétique

Glycogénose de type III

Dependovirus

Glucides -- Métabolisme

Mots clés libres

Métabolisme

Thérapie génique

Vecteur AAV recombinant

Glycogénose

Metabolism

Gene Transfer

Recombinant AAV vector

Glycogen Storage Disorder

Résumé

La glycogénose de type III (GSDIII) est une maladie rare du métabolisme liée à des mutations du gène AGL codant l'enzyme débranchante du glycogène (GDE). Elle s'accompagne d'une accumulation de glycogène dans le foie, le cœur et les muscles. La grande taille de l'ADN complémentaire de GDE rend difficile l'utilisation d'une stratégie de thérapie génique basée sur un vecteur adéno-associé recombinant (rAAV) unique.Dans la première partie de ce travail, nous avons développé une approche utilisant un vecteur rAAV unique en générant une forme tronquée fonctionnelle de GDE, afin de permettre la correction de l'atteinte musculaire et cardiaque dans plusieurs modèles de GSDIII. En utilisant la structure tridimensionnelle de GDE et la position des variants faux-sens décrits dans cette pathologie, nous avons généré plusieurs GDE tronquées conservant une activité enzymatique. Une des GDE ayant une délétion dans le domaine N-terminal, ∆Nter2-GDE, conserve une activité équivalente à celle de la GDE de taille complète in vivo. Un vecteur rAAV exprimant ∆Nter2-GDE, injecté par voie intraveineuse à des souris Agl-/-, a permis la correction complète de l'accumulation de glycogène dans le cœur et les muscles squelettiques trois mois après injection et une normalisation de l'histologie et de la force musculaire des souris. Une correction équivalente a aussi été obtenue dans le cœur et les muscles de rats Agl-/- injectés avec ce même vecteur. Enfin, l'expression de ∆Nter2-GDE dans des cellules musculaires humaines invalidées pour le gène AGL permet aussi de corriger l'accumulation de glycogène, sans toxicité spécifique.Ces résultats démontrent la possibilité de corriger l'atteinte musculaire dans plusieurs modèles de GSDIII en utilisant une GDE tronquée et sont prometteurs pour une éventuelle utilisation clinique de ce vecteur pour traiter des patients atteints de GSDIII.Dans la seconde partie de ce travail, nous avons optimisé un vecteur rAAV unique afin de cibler le foie et de corriger l'atteinte hépatique des souris Agl-/-. Le vecteur développé dans la première partie ne permet pas une correction du foie du fait de l'utilisation d'un promoteur et d'une capside virale sans ciblage ou expression dans le foie. L'injection d'un vecteur rAAV optimisé pour le ciblage du foie dans des souris Agl-/- de 4-5 mois, ayant déjà une fibrose hépatique avancée, permet une correction transitoire des paramètres biochimiques (glycémie, ASAT, ALAT), avec une perte de correction progressive 6 mois après injection. Une injection plus précoce, dans des souris Agl-/- de 6 semaines sans fibrose lors de l'injection, permet une correction du phénotype hépatique chez la moitié des animaux, persistant 9 mois après injection. L'autre moitié des animaux présentent néanmoins une perte progressive de correction à partir de 6 mois post-injection, comme chez les souris injectées à un âge plus avancé. Les raisons de ce phénomène sont en cours de caractérisation.Une poursuite de l'optimisation reste donc nécessaire afin d'améliorer la correction du phénotype hépatique et surtout afin de pouvoir corriger la totalité des atteintes de la GSDIII, hépatique, musculaire et cardiaque, en utilisant un seul vecteur rAAV.

Glycogen storage disease type III (GSDIII) is a rare inborn error of metabolism affecting liver, skeletal muscle, and heart, due to mutations of the AGL gene encoding for the glycogen debranching enzyme (GDE). The 4.6 kb GDE cDNA represents the major technical challenge toward the development of a single recombinant adeno-associated virus (rAAV)-derived vector strategy and alternative approaches using bacterial GDE orthologs or dual vectors have been proposed.In the first part of this thesis, we developed a single rAAV vector strategy expressing a truncated GDE protein in order to correct the heart and muscle impairment in multiple GSDIII models. Using molecular modelling and the existing information on AGL missense variants, we generated multiple truncated GDEs retaining activity. Among them, the N-terminal-truncated mutant ∆Nter2-GDE had a similar efficacy in vivo compared to the full-size enzyme. A rAAV vector expressing ∆Nter2-GDE allowed complete glycogen clearance in the heart and muscle of Agl-/- mice, three months after intravenous injection, as well as normalization of histology features and restoration of muscle strength. Similarly, glycogen accumulation and histological features were corrected in a recently generated Agl-/- rat model. Finally, ∆Nter2-GDE corrected glycogen accumulation in an in vitro human skeletal muscle cellular model of GSDIII, without specific toxicity. In conclusion, our results demonstrate the ability of a functional truncated GDE transgene to correct the muscle and heart phenotype in multiple models of GSDIII, supporting its clinical translation to GSDIII patients.In the second part of this thesis, we optimized a single vector rAAV approach to correct the liver phenotype, which could not be achieved with our ∆Nter2-GDE expressing rAAV vector because of the use of a promoter and a capsid both with liver-detargeting features. We designed an rAAV with a capsid with high liver tropism expressing the full-length GDE under the control of a liver promoter. Intravenous administration of high dose of this vector to 4-5-month old Agl-/- could only achieve transient correction of the glycemia and liver enzymes 2 months after injection, with progressive loss of correction during the follow-up. Because, at this age, Agl-/- mice already display significant liver fibrosis, we then administered the rAAV vector intravenously to younger 6-week-old Agl-/- mice. Glycemia normalized quickly after injection. Long-term correction of the liver phenotype, up to 9 months post-injection, was only achieved in half of the injected mice, with normalization of both glycogen content and histologic features of the disease. In the other half of the cohort, a progressive loss of correction was observed from 6 months post-injection, similar to Agl-/- mice injected at an older age. The mechanism behind the progressive loss of correction observed is unclear and currently under investigations.Further optimization is required to improve liver targeting and GDE expression, especially with the use of the ∆Nter2-GDE mutant, as well as to achieve the correction of both the liver and muscle diseases.