Mathematical modelling of African swine fever at the domestic-wildlife interface : implications for control
Auteur / Autrice : | Brandon Hayes |
Direction : | Nicolas Rose, Timothée Vergne |
Type : | Thèse de doctorat |
Discipline(s) : | Statistique/Modélisation en écologie, géosciences, agronomie et alimentation |
Date : | Soutenance le 14/12/2022 |
Etablissement(s) : | Rennes 1 |
Ecole(s) doctorale(s) : | EGAAL |
Partenaire(s) de recherche : | Laboratoire : Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (Ploufragan) |
Jury : | Président / Présidente : Emmanuelle Fromont |
Examinateurs / Examinatrices : Ferran Jori, Mathieu Andraud | |
Rapporteurs / Rapporteuses : Pauline Ezanno, Carola Sauter-Louis |
Résumé
En 2007, le virus de la peste porcine africaine (PPA) a émergé sur le continent européen et a décimé les populations de porcs domestiques et de sangliers. Avec la propagation virale entre les compartiments sauvages et domestiques qui complique les efforts de contrôl, et l’absence de vaccins disponibles, la PPA est l'une des maladies infectieuses les plus difficiles à contrôler. Les modèles mathématiques ont fait leurs preuves en matière d'aide à la prise de décision, mais aucun modèle existant de la PPA ne tient compte de cette interface entre les porc domestiques et les sangliers. La Roumanie, l'état membre de l'Union européenne le plus gravement touché par la maladie, est riche en élevages porcins de basse-cour, suspectés d’être particulièrement exposés aux populations de sangliers. Pour mieux comprendre la dynamique de l'épizootie, nous avons construit un modèle mécaniste spatial et stochastique de transmission de la PPA, intégrant à la fois les compartiments domestique et sauvage. Le modèle a été calibré en combinant une revue de la littérature scientifique et un ajustement à l’épizootie observée en Roumanie, permettant d’évaluer la contribution relative des compartiments domestique et sauvage à la propagation du virus. Des stratégies de contrôle alternatives ont été explorées, révélant que le dépeuplement de l’ensemble de la population porcine des villages infectés, putôt que seulement des lots touchés, aurait pu réduire l’épidémie de manière conséquente. Ce modèle peut maintenant être adapté à d'autres pays, comme la Corée du Sud pour évaluer l’efficacité des barrières, ou comme la France pour tester des scénarii de gestion en cas d'apparition de foyers de PPA.