Thèse soutenue

Étude de la diversité et de l’évolution des espèces du genre coffea : quelles applications en sélection ?

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Auteur / Autrice : Eva Nathalie Raharimalala
Direction : Dominique CrouzillatRomain Guyot
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Sciences agronomiques
Date : Soutenance le 09/07/2021
Etablissement(s) : Rennes, Agrocampus Ouest
Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Écologie Géosciences Agronomie Alimentation (Rennes ; 2016-2022)
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Nestlé Research Center
Jury : Président / Présidente : Maria Manzanares-Dauleux
Examinateurs / Examinatrices : Patricia Faivre Rampant, Patrice This
Rapporteurs / Rapporteuses : Philippe Barre

Résumé

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Deux genres voisins Coffea et Psilanthus incluant 141 espèces sont à l’origine des caféiers dont seulement deux (C. arabica et C. canephora) sont cultivées. Une meilleure connaissance de la diversité et de l’évolution des espèces sauvages peut permettre d’optimiser la sélection.Au niveau morpho-phénologique, les caféiers Malgaches montrent une grande diversité des caractères comme la longueur du cycle de maturation des fruits qui varie de 3 à 12 mois en fonction de leur distribution écologique.Au niveau évolutif, deux types de chloroplastes, Coffea et Psilanthus, ont été identifiés au sein du genre Coffea. Ils sont probablement transmis par des mécanismes tels que la rétention de polymorphismes ancestraux dus à un tri incomplet des lignées ou l'hybridation interspécifique suivie d’homoploïdie.Les caféiers montrent une diversité de la présence de la caféine. Produit par les caféiers cultivés et la majorité des espèces africaines, la caféine est absente des espèces des îles de l’océan indien. Chez C. humblotiana, nous avons démontrer que l’absence de la caféine est liée à l’absence d’une région de 76 Kb portant le gène de la caféine synthase (DXMT). Finalement nous avons démontrer que les hybrides Ratelo tétraploïdes interspécifiques entre C. arabica et des espèces sauvages diploïdes peuvent suppléer la culture de l’Arabica qui est mal adaptée aux conditions pédoclimatiques de Madagascar.Ensemble, ces différentes études permettent de comprendre le genre Coffea et de commencer à utiliser ces ressources génétiques en amélioration face aux défis comme la tolérance à la rouille, le changement climatique et la demande des consommateurs pour des cafés avec des signatures organoleptiques exceptionnelles.