Algorithmique de graphes pour la similarité structurelle de molécules et de réactions
Auteur / Autrice : | Stefi Nouleho ilemo |
Direction : | Dominique Barth |
Type : | Thèse de doctorat |
Discipline(s) : | Informatique |
Date : | Soutenance le 26/10/2020 |
Etablissement(s) : | université Paris-Saclay |
Ecole(s) doctorale(s) : | École doctorale Sciences et technologies de l'information et de la communication (Orsay, Essonne ; 2015-....) |
Partenaire(s) de recherche : | Laboratoire : Données et algorithmes pour une ville intelligente et durable (Versailles ; 2015-...) |
référent : Université de Versailles-Saint-Quentin-en-Yvelines (1991-....) | |
Jury : | Président / Présidente : Yann Ponty |
Examinateurs / Examinatrices : Jean-Claude König, Anne-Claude Camproux, Alain Denise, Marie-Pierre Gaigeot | |
Rapporteurs / Rapporteuses : Jean-Claude König, Anne-Claude Camproux |
Mots clés
Mots clés contrôlés
Mots clés libres
Résumé
Un plan de synthèse est, pour une molécule donnée, une séquence de réactions permettant de la produire à partir de molécules commercialisées ou facilement synthétisables. En chémoinformatique, prédire ou aider à la conception de plans de synthèse pour de nouvelles molécules est un défi. Cela consiste à analyser les très grandes bases de données de réactions moléculaires existantes pour construire de nouveaux plans de synthèse à partir de plans existants pour des molécules similaires. Dans ce contexte, la similarité entre molécules repose sur la topologie.Nous introduisons une représentation structurelle des molécules appelée graphe de cycles. Cette représentation est basée sur les cycles du graphe moléculaire et leurs interconnexions.Cette représentation canonique permet de définir une mesure de similarité entre les structures de molécules. Elle nécessite un temps de calcul raisonnable. Nos études montrent qu’elle est plus adaptée pour les travaux sur les plans de synthèse que les autres mesures de similarité existantes.À partir des graphes des cycles, nous proposons une classification des réactions en fonction des effets sur la structure des molécules. Il s'agit de la première étape pour la prédiction des plans de synthèse.