ARN  ARN non codants  ARN non-codant  Acides RiboNucléiques  Adjacence  Algorithme  Algorithme combinatoire  Algorithme d'alignement stochastique  Algorithme extérieur à l'extérieur  Algorithmes  Algorithmique  Algorithmique Combinatoire  Alignement avec la précision maximale attendue  Alignement sous-optimal  Apprentissage automatique  Arn  Bioinformatique  Bioinformatique des ARN  Bioinformatique structurale  Biomolécules  Cancer de la prostate  Chemins et cycles  Chemo-Informatique  Cinétique  Clustering  Combinatoire énumérative  Complexité paramétrée  Compléxité Paramétrée  Conformation  Design négatif d’ARN  Dessin computationnel de protéine  Données de probing  Dynamique moléculaire  Grammaires hors-contexte pondérées  Graphes, Théorie des  Génome  

Yann Ponty a rédigé la thèse suivante :

Modélisation de séquences génomiques structurées, génération aléatoire et applications

par Yann Ponty sous la direction de Alain Denise - Paris 11

Informatique

Soutenue en 2006

Yann Ponty dirige actuellement la thèse suivante :

Complexité paramétrée pour l'extraction d'une hiérarchie de modèles structuraux au sein des Acides RiboNucléiques

par Bertrand Marchand sous la direction de Yann Ponty - Institut polytechnique de Paris

Informatique, données, IA

En préparation depuis le 01-10-2020

Yann Ponty a dirigé les 4 thèses suivantes :

Local decomposition in RNA structural design

par Hua-Ting Yao sous la direction de Yann Ponty et de Jérôme Waldispühl . - Institut polytechnique de Paris

Informatique

Soutenue le 15-12-2021

Combining machine learning and reference-free transcriptome analysis for the identification of prostate cancer signatures

par Thi Ngoc Ha Nguyen sous la direction de Daniel Gautheret et de Yann Ponty . - université Paris-Saclay

Sciences de la vie et de la santé

Soutenue le 18-12-2020

Non-redundant sampling in RNA Bioinformatics

par Juraj Michalik sous la direction de Yann Ponty et de Hélène Touzet . - Université Paris-Saclay (ComUE)

Informatique

Soutenue le 29-03-2019

Multi-dimensional probing for RNA secondary structure(s) prediction

par Afaf Saaidi sous la direction de Mireille Régnier et de Yann Ponty . - Université Paris-Saclay (ComUE)

Informatique

Soutenue le 01-10-2018

Yann Ponty a été président de jury de la thèse suivante :

Algorithmique de graphes pour la similarité structurelle de molécules et de réactions

par Stefi Nouleho ilemo sous la direction de Dominique Barth - université Paris-Saclay

Informatique

Soutenue le 26-10-2020

Yann Ponty a été membre de jury des 5 thèses suivantes :

Développement de méthodes mathématiques pour l'analyse de trajectoires conformationnelles en dynamique moléculaire

par Sharad Goulam abas sous la direction de Alain Trouvé et de Luba Tchertanov . - université Paris-Saclay

Mathématiques aux interfaces

Soutenue le 23-06-2020

Prédiction de structures secondaires d’ARN et de complexes d’ARN avec pseudonoeuds - Approches basées sur la programmation mathématique multi-objectif

par Audrey Legendre sous la direction de Fariza Tahi et de Eric Angel . - Université Paris-Saclay (ComUE)

Informatique

Soutenue le 09-12-2019

Alignement pratique de structure-séquence d'ARN avec pseudonœuds

par Wei Wang sous la direction de Alain Denise - Université Paris-Saclay (ComUE)

Informatique

Soutenue le 18-12-2017

Défis algorithmiques pour les simulations biomoléculaires et la conception de protéines

par Karen Druart sous la direction de Thomas Simonson et de Edouard Audit . - Université Paris-Saclay (ComUE)

Biologie

Soutenue le 05-12-2016

Évolution de l’architecture des génomes : modélisation et reconstruction phylogénétique

par Magali Semeria sous la direction de Eric Tannier et de Laurent Guéguen . - Lyon 1

Génomique évolutive

Soutenue le 09-12-2015