Contribution à la compréhension de la chromatographie d'échange d'ions des protéines par un couplage d'approches expérimentales et de simulations moléculaires.
Auteur / Autrice : | Marine Tournois |
Direction : | Maria Aurora Fernandez, Stéphane Mathé |
Type : | Thèse de doctorat |
Discipline(s) : | Génie des Procédés et de l'Environnement |
Date : | Soutenance le 23/01/2020 |
Etablissement(s) : | Toulouse, INSA |
Ecole(s) doctorale(s) : | École doctorale Mécanique, énergétique, génie civil et procédés (Toulouse) |
Partenaire(s) de recherche : | Laboratoire : TBI - Toulouse Biotechnology Institute, Bio & Chemical Engineering - Toulouse Biotechnology Institute / TBI |
Jury : | Président / Présidente : Maria-Inês Ré |
Examinateurs / Examinatrices : Maria Aurora Fernandez, Stéphane Mathé, Charlotte Cabanne, Manuel Dauchez, Patrick Fuchs, Jérémy Esque | |
Rapporteurs / Rapporteuses : Charlotte Cabanne, Manuel Dauchez |
Mots clés
Mots clés contrôlés
Résumé
La compréhension des mécanismes d’échange d’ions à l’échelle locale a connu un fort intérêt ces dernières décennies. En effet, des informations à l’échelle atomique des mécanismes physico-chimiques pourraient permettre l’optimisation des procédés chromatographiques à l’échelle industrielle, qui restent à ce jour sous-optimisés car largement basés sur des méthodes empiriques. De plus, certains comportements observés en système mono-constituant ne peuvent être transposés à des cas plus complexes du fait de l’apparition de phénomènes tels que les interactions protéines-support ou encore la compétition protéine-protéine. Dans ce contexte, une approche particulièrement prometteuse est d’utiliser la simulation moléculaire pour étudier ces phénomènes locaux à l’intérieur des adsorbants (résines échangeuses d’ions) en complément aux techniques expérimentales sophistiquées, qui s’avèrent difficiles à mettre en œuvre et généralement très coûteuses. La simulation moléculaire peut ainsi permettre d’étudier les interactions d’une protéine dans son environnement, notamment avec la résine chromatographique, mais aussi d’identifier d’éventuels changements conformationnels. Dans ce travail, l’utilisation de la simulation moléculaire est proposée et discutée en confrontant les données obtenues numériquement à des données d’expériences réalisées à l’échelle macroscopique. En particulier, l’équilibre d’échange d’ions a été étudiée avec mesure des isothermes d’adsorption et application de la loi d’Action de Masse Stérique, afin d’évaluer la pertinence de cette approche. Les premiers résultats de simulations moléculaires obtenus sur un système modèle ont ainsi permis d’acquérir une vision moléculaire du mécanisme de rétention de la protéine étudiée sur la surface chromatographique et notamment de mettre en évidence des orientations préférentielles. De plus, la comparaison de deux paramètres physiques calculés à partir des deux approches (in silico et expérimentale) a montré un bon accord, indiquant que l’utilisation de ce type de méthode numérique est prometteuse dans ce domaine. La modélisation des effets de l’environnement (pH, force ionique, protéines en compétition) semble également prometteuse, mais nécessiterait une plus grande investigation et l’utilisation d’approches numériques plus adaptées à la complexité du système.