Thèse soutenue

Écologie et taxonomie intégrative des moucherons piqueurs du genre Culicoides Latreille (Diptera Ceratopogonidae) en région Afrotropicale.

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Auteur / Autrice : Mame Thierno Bakhoum
Direction : Jérémy BouyerClaire Garros
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Sciences de l'évolution et de la Biodiversité
Date : Soutenance le 05/09/2017
Etablissement(s) : Paris, AgroParisTech
Ecole(s) doctorale(s) : GAIA (Montpellier ; École Doctorale ; 2015-...)
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : ASTRE - Animal, Santé, Territoires, Risques et Ecosystèmes (Montpellier, Hérault) - AgroParisTech (France ; 2007-....)
Jury : Président / Présidente : Gérard Duvallet
Examinateurs / Examinatrices : Gérard Duvallet, Jérôme Depaquit, Thierry Hance, Assane Gueye Fall, Geoffrey Gimonneau
Rapporteurs / Rapporteuses : Jérôme Depaquit, Thierry Hance

Résumé

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Dans un contexte d’émergence ou de réémergence des maladies à transmission vectorielle, certaines espèces de Culicoides (Diptera : Ceratopogonidae) sont impliquées dans la transmission de certains virus (Reoviridae : Orbivirus) et de nématodes (Onchocercidae : Mansonella) en région Afrotropicale. Cependant, le schéma systématique et taxonomique ainsi que la bio-écologie des espèces d’intérêt vétérinaire restent à explorer. Ce travail de taxonomie intégrative a pour objectifs de réaliser (i) une révision systématique et taxonomique des espèces appartenant à des sous-genres et des groupes d’intérêt à partir de phylogénie moléculaire multi-marqueur et de délimitation d’espèces, et (ii) de développer des outils moléculaires pour l’étude de la bio-écologie des espèces d’intérêt vétérinaire et de la dynamique de leurs populations d’immatures. Nos résultats mettent en évidence (i) la présence de trois clades monophylétiques le groupe d’espèces Imicola, le groupe d’espèces Milnei et le sous-genre Remmia, (ii) une nouvelle espèce pour la science nommée C. sp. #22 et affiliée au sous-genre Avaritia, groupe Imicola, (iii) la présence d’une nouvelle espèce non-décrite nommée C. sp. #54 appartenant au groupe d’espèces Dasyops, sous-genre Avaritia, (iii) d’affilier les groupes d’espèces Similis et Neavei au sous-genre Synhelea et, (iv) de poser l’hypothèse d’une présence d’espèces cryptiques au sein de C. oxystoma (sous-genre Remmia). D’un point de vue bio-écologique, le travail réalisé combinant suivi entomologique et identification moléculaire avec une librairie de séquences barcodes a permis de décrire le comportement trophique de C. imicola, C. kingi et C. oxystoma ainsi que leurs habitats larvaires dans des environnements équins de la zone des Niayes au Sénégal. L’ensemble de ce travail permet de compléter le corpus de connaissances sur le genre Culicoides en région Afrotropicale afin d’améliorer la compréhension de l’épidémiologie des pathogènes transmis et proposer des pistes de recherches pour mieux contrôler les populations immatures et adultes des espèces vectrices afin de mieux anticiper et prévenir des évènements sanitaires.