Alignement-reconstruction simultanée de tomogramme électronique et extraction de volume de ribosome

Simultaneous alignment-reconstruction of electronic tomogram and 3D extraction of ribosome

• Auteur / Autrice : Hmida Rojbani
• Direction : Christian Ronse, Khaled Bsaïes
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Informatique
• Date : Soutenance le 28/11/2016
• Etablissement(s) : Strasbourg en cotutelle avec Université de Tunis El-Manar. Faculté des Sciences de Tunis (Tunisie)
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Mathématiques, sciences de l'information et de l'ingénieur (Strasbourg ; 1997-....)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Laboratoire des sciences de l'ingénieur, de l'informatique et de l'imagerie (Strasbourg ; 2013-....)
• Jury : Président / Présidente : Dorra Sellami-Masmoudi
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Imed Riadh Farah, Atef Hamouda, Etienne Baudrier
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Dorra Sellami-Masmoudi, Nicolas Passat, Charles Kervrann

Mots clés

Mots clés contrôlés

Microscopie électronique en transmission

Analyse fractale

Traitement d'images -- Techniques numériques

Imagerie tridimensionnelle en biologie

Microbiologie

Ribosomes

Mots clés libres

Tomographie électronique

Orientations erronées

Optimisation

3D

Analyse multifractale

Intégration fractionnaire

Electronic Tomography

Incorrect Orientations

Optimization

3D

Multi-fractal analysis

Fractional integration

Résumé

Ce travail de thèse aborde le problème de l'alignement d'images 2D obtenues en tomographie électronique dans la perspective d'une reconstruction tridimensionnelle et la détection des ribosomes à partir de l'objet reconstruit. Une méthode d'optimisation globale est proposée pour minimiser un coût qui permet d'effectuer l'alignement 3D et la reconstruction de manière conjointe. La thèse traite également le problème de la segmentation des images 3D reconstruites avec une méthode de classification probabiliste. Cependant, la nature des images de cryo-tomographie révèle des problèmes de bruit et de contraste. Deux méthodes de filtrage 3D ont été proposées comme prétraitement du processus de segmentation. La première méthode est basée sur l'intégration fractionnaire. La seconde est basée sur l'analyse multi-fractale. L'institut de recherche biomédicale IGBMC de Strasbourg a fourni les images de projection utilisées dans cette thèse.

This thesis deals with the problem of the alignment of 2D images obtained by transmission electron microscopy in the perspective of a three-dimensional reconstruction and the detection of ribosomes from the reconstructed object. A global optimization method is proposed to minimize a cost that allows the 3D alignment and reconstruction to be carried out jointly. The thesis also deals with the problem of segmentation of reconstructed 3D images with a probabilistic classification method. However, the nature of cryo-tomography images reveals noise and contrast problems. For this reason, two methods of 3D filtering have been proposed as pre-processing of segmentation, one is based on fractional integration, and the other on a multi-fractal analysis. The institute of biomedical research IGBMC in Strasbourg provides the projection images used in this thesis.