Développement de méthodes permettant la détection et la quantification de microorganismes d'altération du vin : étude de facteurs de développement
Auteur / Autrice : | Cédric Longin |
Direction : | Hervé Alexandre, Michèle Guilloux-Bénatier |
Type : | Thèse de doctorat |
Discipline(s) : | Sciences de l'alimentation |
Date : | Soutenance le 18/11/2016 |
Etablissement(s) : | Dijon |
Ecole(s) doctorale(s) : | École doctorale Environnements, Santé (Dijon ; Besançon ; 2012-....) |
Partenaire(s) de recherche : | Laboratoire : Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM) (Dijon) |
Jury : | Président / Présidente : Isabelle Masneuf-Pomarede |
Examinateurs / Examinatrices : Gérald Gregori | |
Rapporteurs / Rapporteuses : Patricia Taillandier, Nicolas Rozes |
Mots clés
Résumé
Les nouvelles pratiques utilisées pour l’élaboration du vin amènent à une recrudescence des altérations microbiennes. C’est pourquoi, de nouvelles méthodes doivent être développées afin de quantifier ces microorganismes de façon précise, rapide et avec de faibles coûts. Les principales altérations du vin sont dues aux bactéries acétiques (BA) (A. aceti, A. pasteurianus, G. oxydans et Ga. liquefaciens) et à Brettanomyces bruxellensis. Par l’action d’enzymes, les 1ères transforment l’éthanol en acide acétique alors que B. bruxellensis transforme les acides hydroxycinnamiques en éthyles phénols (EP) (molécules odorantes désagréables). La cytométrie en flux couplée à la technique d’hybridation in situ en fluorescence a tout d’abord été étudiée. Aucun résultat reproductible n’a été développé pour les BA en vin rouge alors que pour B. bruxellensis, le protocole existant a été amélioré avec une quantification possible en 18 h. La PCR en temps réel a également été utilisées afin de quantifier ces microorganismes. Un protocole a été développé pour la quantification des BA en vin rouge (103 cellules/mL) avec l’utilisation d’un témoin interne microbiologique permettant de valider le rendement de l’extraction de l’ADN. Pour B. bruxellensis, trois kits commerciaux ont été analysés lors d’une étude interlaboratoires. Les quantifications se sont révélées significativement différentes des énumérations sur boite de Pétri avec une quantification des cellules mortes. De plus, il a été étudié et validé l’effet population de B. bruxellensis sur l’efficacité du SO2. Il ressort également de ces expérimentations que les cellules en état viable mais non cultivable ne produisent pas d’EP.