Estimation par intervalle d'une distance évolutive

Interval estimation of an evolutionary distance

• Auteur / Autrice : Guillaume Andrieu
• Direction : Olivier Gascuel
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Informatique
• Date : Soutenance en 1997
• Etablissement(s) : Montpellier 2

Mots clés

Mots clés contrôlés

Estimation de paramètres

Bootstrap (statistique)

Algorithmes

Variabilité -- Aspect moléculaire

Modèles mathématiques

Évolution moléculaire

Méthodes statistiques

Phylogénie

Résumé

L'objet de cette these est l'etude de la variabilite d'une estimation de la distance evolutive entre deux sequences moleculaires. Apres un bref apercu de l'historique des theories de l'evolution, nous presentons les differentes methodes de reconstruction phylogenetiques. Nous detaillons ensuite l'expression et l'estimation d'une distance evolutive entre deux sequences dans le cadre d'un modele stochastique de l'evolution. Deux methodes sont communement utilisees pour mesurer l'incertitude d'une estimation de la distance evolutive : l'estimation de la variance et le bootstrap. Nous proposons l'application de la methode statistique d'estimation par intervalle. Nous presentons les methodes et les algorithmes de construction d'intervalles de confiance que nous avons developpe dans le cadre de deux modeles : celui de jukes et cantor (1969) et celui de kimura (1980). Les resultats obtenus par simulation ou avec des donnees reelles et artificielles montrent la validite de notre demarche et nous permettent d'observer le comportement des autres methodes dans diverses conditions quant a la taille des sequences et la proportion de difference entre les sequences.