Un facteur de transcription pour les gouverner tous : Régulation globale du métabolisme secondaire fongique spécifique de la phase biotrophe

One transcription factor to rule them all: Global regulation of the biotrophy-specific fungal secondary metabolites

• Auteur / Autrice : Illona David
• Direction : Jean-Félix Dallery
• Type : Projet de thèse
• Discipline(s) : Sciences végétales
• Date : Inscription en doctorat le 01/03/2026
• Etablissement(s) : université Paris-Saclay
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Sciences du Végétal : du gène à l'écosystème
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : BIOlogie GEstion des Risques en agriculture
• Partenaire(s) de recherche : Référent : Faculté des sciences d'Orsay

Mots clés

Mots clés libres

Hémibiotrophie

Transcriptomique

Facteur de transcription

Colletotrichum

Réseau de régulation

Interaction Plante-Microbe

Plante-Microbe interaction

Hemibiotrophy

Transcription factor

Regulation network

Colletotrichum

Transcriptomics

Résumé

Ce projet a pour but de comprendre la régulation transcriptionnelle des gènes impliqués dans la biosynthèse de métabolites secondaires (BGC, Biosynthetic Gene Cluster) que l'agent causal de l'anthracnose des crucifères, Colletotrichum higginsianum, produit spécifiquement au cours de l'infection d'Arabidopsis thaliana. Des données antérieures de transcriptomique indiquent qu'une partie des gènes impliqués dans la production des métabolites secondaires sont exprimés en vagues successives au cours du cycle infectieux : pénétration de l'hôte, phase biotrophe et phase nécrotrophe, et que ces gènes ne sont pas exprimés en conditions de laboratoire. Le projet se focalisera sur la régulation de l'expression des gènes permettant la production de métabolites secondaires au cours de la phase biotrophe de l'infection d'Arabidopsis thaliana par Colletotrichum higginsianum, là où leur rôle est susceptible d'être important pour la manipulation des défenses de la plante hôte et l'installation de la maladie en amont de la phase nécrotrophe. Avec ce projet, nous proposons de combiner de façon innovante des approches de génétique inverse, de transcriptomique et de génétique moléculaire pour décortiquer le réseau de régulation des gènes activés spécifiquement au cours de la phase infectieuse. La proposition repose sur de solides données antérieures ayant identifié TF19 comme régulateur global des gènes spécifiquement activés lors de la biotrophie. Ce facteur de transcription contrôle l'expression directement ou indirectement (probablement via d'autres facteurs de transcription tel que TF191) de 86% des BGCs de la biotrophie. Ainsi, ce projet de thèse permettra de comprendre la régulation fine de l'expression des BGCs de la biotrophie et ouvrira la voie à de nouveaux moyens de contrôle des mycètes phytopathogènes.

The aim of this project is to understand the transcriptional regulation of genes involved in the biosynthesis of secondary metabolites (BGC, Biosynthetic Gene Cluster) that the causal agent of crucifer anthracnose, Colletotrichum higginsianum, produces specifically during infection of Arabidopsis thaliana. Previous transcriptomics data indicate that some of the genes involved in the production of secondary metabolites are expressed in successive waves during the infectious cycle: host penetration, biotrophic phase and necrotrophic phase, and that these genes are not expressed under laboratory conditions. The project will focus on the regulation of the expression of genes enabling the production of secondary metabolites during the biotrophic phase of infection of Arabidopsis thaliana by Colletotrichum higginsianum, where their role is likely to be important for the manipulation of host plant defences and the establishment of the disease upstream of the necrotrophic phase. In this project, we propose to use an innovative combination of reverse genetics, transcriptomics and molecular genetics to unravel the regulatory network of genes specifically activated during the infectious phase. The proposal is based on solid previous data identifying TF19 as a global regulator of genes specifically activated during biotrophy. This transcription factor controls the expression directly or indirectly (probably via other transcription factors such as TF191) of 86% of the BGCs in biotrophy. This thesis project will therefore enable us to understand the fine regulation of the expression of biotrophic BGCs and pave the way for new ways of controlling phytopathogenic fungi.