Profilage génomique et épigénétique des cancers rares

Genomic and epigenetic profiling of rare cancers

• Auteur / Autrice : Antoine Quoniam-barre
• Direction : Eric Pasmant
• Type : Projet de thèse
• Discipline(s) : Genetique cellulaire et moleculaire
• Date : Inscription en doctorat le 05/11/2025
• Etablissement(s) : Université Paris Cité
• Ecole(s) doctorale(s) : 562 - BIO SORBONNE PARIS CITÉ (BIOSPC)
• Partenaire(s) de recherche : Equipe de recherche : Institut Cochin (Paris ; 2002-....)

Mots clés

Mots clés libres

Épigénétique

Cancers rares

Méthylation

Génomique

Epigenetic

Rare cancers

DNA Methylation

Genomic

Résumé

Étude de l'évolution clonale dans le lymphome folliculaire à l'aide de la méthylation de l'ADN au niveay CpG fluctuants afin d'identifier des biomarqueurs de rechute précoce. Développement d'un pipeline multi-omique unifié intégrant la méthylation Nanopore, Hi-C et RNA-seq pour le profilage épigénomique 3D dans les MPNST. Caractérisation du recâblage de la chromatine induit par la perte de PRC2 et de l'identité des cellules tumorales afin de mettre en évidence des vulnérabilités cliniquement exploitables.

Investigation of clonal evolution in follicular lymphoma using fluctuating CpG methylation to identify early-relapse biomarkers. Development of a unified multi-omic pipeline integrating Nanopore methylation, Hi-C, and RNA-seq for 3D epigenomic profiling in MPNSTs. Characterization of PRC2-loss–driven chromatin rewiring and tumor cell identity to uncover clinically actionable vulnerabilities.