Structures 3D des génomes anciens viables des diatomées

3D Genome Structures of Viable Ancient Diatoms

• Auteur / Autrice : Tianze Zheng
• Direction : Chris Bowler
• Type : Projet de thèse
• Discipline(s) : Sciences du Vivant
• Date : Inscription en doctorat le 01/09/2025
• Etablissement(s) : Université Paris sciences et lettres
• Ecole(s) doctorale(s) : Sciences du Vivant
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Institut de Biologie de l'École Normale Supérieure
• Partenaire(s) de recherche : Equipe de recherche : Génomique des Plantes et Diatomées
• Partenaire(s) de recherche : établissement opérateur d'inscription : Ecole normale supérieure - PSL

Mots clés

Mots clés libres

Chromatine

Antarctique

Spores

ADN ancien

Génomique

Diatomées

Diatoms

Ancient DNA

Chromatin

Genomics

Spores

Antarctic

Résumé

Ce projet vise à étudier la structure tridimensionnelle des génomes d'organismes anciens viables – en particulier les spores de diatomées récupérées de sédiments antarctiques datant de 10 000 ans – afin de comprendre les mécanismes de viabilité génomique à long terme. Pour la première fois, des approches de pointe en séquençage d'ADN ancien, en génomique comparative, et en modélisation 3D des génomes seront appliquées à des échantillons biologiques viables issus d'environnements extrêmes. Le travail sera mené au sein du laboratoire du Pr Chris Bowler à l'IBENS, qui bénéficie d'une expertise reconnue en génomique des algues et d'un environnement technologique de premier plan. Les objectifs incluent le développement de pipelines bioinformatiques pour l'assemblage et l'annotation de génomes anciens, l'analyse comparative avec des diatomées modernes, et la publication de résultats dans des revues internationales. Ce projet contribuera à faire progresser notre compréhension de la stabilité génomique, de la dormance à long terme, et de la résurrection biologique.

This project aims to explore the three-dimensional genome structures of viable ancient organisms—specifically diatom spores recovered from 10,000-year-old Antarctic sediments—to understand mechanisms of long-term genomic viability. For the first time, cutting-edge techniques in ancient DNA sequencing, comparative genomics, and 3D genome modeling will be applied to viable biological specimens from extreme environments. Conducted in Professor Chris Bowler's lab at IBENS, which offers world-class expertise and facilities in algal genomics, the project includes developing bioinformatic pipelines for genome assembly and annotation, performing comparative analyses with modern diatoms, and publishing findings in international journals. The project will advance our understanding of genome stability, long-term dormancy, and biological reactivation.