Sélection de Variétés Populations pour Diversifier les Productions et les Adaptations chez les Plantes Allogames : Quels nouveaux schémas à l'heure du génotypage haut débit ?

Breeding Landraces to diversify production and enhance adaptation in allogamous species: Revisiting breeding methods in the Genomic era ?

• Auteur / Autrice : Raphaël Minguella
• Direction : Alain Charcosset
• Type : Projet de thèse
• Discipline(s) : Génétique végétale
• Date : Inscription en doctorat le 01/10/2025
• Etablissement(s) : université Paris-Saclay
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Agriculture, Alimentation, Biologie, Environnement, Santé
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : GQE - Génétique Quantitative et Évolution - Le Moulon
• Partenaire(s) de recherche : Equipe de recherche : GQMS Génétique quantitative et Méthodologie de la sélection
• Partenaire(s) de recherche : Référent : AgroParisTech

Mots clés

Mots clés libres

Génétique quantitative

Amélioration des plantes

Variété population

Diversité genetique

Hétérosis

Maïs

Quantitative genetics

Plant breeding

Landrace

Genetic diversity

Heterosis

Maize

Résumé

Les transitions agroécologiques et alimentaires, ainsi que le changement climatique appellent une diversification radicale des solutions variétales, en termes d'espèces, ou, pour les espèces majeures, des types variétaux (structures variétales, caractéristiques d'adaptation, de qualité des produits …). Les programmes de sélection sont donc appelés à devenir plus nombreux, plus segmentés et conduits avec des moyens nettement inférieurs à ceux mobilisés pour les marchés de masse actuels. Pour les espèces allogames, il apparaît important de reconsidérer la place des variétés populations, qui présentent l'intérêt de réduire les coûts de production de semences et de garantir une diversité à l'échelle de la parcelle. La thèse vise à définir des stratégies de sélection efficaces de sélection de populations qui intègrent les avancées méthodologiques récentes, notamment en termes d'utilisation des marqueurs en sélection. Elle s'appuiera sur trois cycles de sélection d'une variété de maïs adaptée à l'alimentation humaine, conduite sur la base d'une sélection familiale (évaluation de plein-frères) et de l'utilisation du génotypage à des fins de prédiction génomique et de gestion de la diversité. Le schéma mis en œuvre sera comparé avec d'autres possibilités à l'aide de simulations, dans le but de proposer des améliorations pour des programmes ultérieurs. La thèse permettra d'aborder à la lumière de ces éléments la question du choix entre sélection d'hybrides ou de populations.

Agro-ecological and food transitions, as well as climate change, call for a radical diversification of varietal solutions, in terms of species or, for the major species, varietal types (varietal structures, adaptation characteristics, product quality, etc.). Breeding programms are therefore likely to become more numerous, more segmented and conducted with far fewer resources than are currently available for mass markets. For allogamous species, it is important to reconsider the role of landraces, which have the advantage of reducing seed production costs and guaranteeing diversity at plot level. The aim of the thesis is to define effective landraces breeding strategies that incorporate recent methodological advances, particularly in terms of the use of molecular markers in selection. It will be based on three selection cycles for a maize variety suitable for human consumption, conducted on the basis of family selection (evaluation of full sibs) and the use of genotyping for genomic prediction and diversity management. The scheme implemented will be compared with other possibilities using simulations, with the aim of proposing improvements for future programmes. In the light of these elements, the thesis will address the question of whether to select hybrids or populations.