Rôle du microbiote intestinal dans l'apparition de l'entérocolite ulcéro nécrosante (ECUN) chez les prématurés »

Role of the intestinal microbiota in the appearance of necrotizing ulcerative enterocolitis (NEC) in premature infants

• Auteur / Autrice : Ugo Troin
• Direction : Pierre Peyret
• Type : Projet de thèse
• Discipline(s) : Microbiologie
• Date : Inscription en doctorat le 01/09/2024
• Etablissement(s) : Université Clermont Auvergne (2021-...)
• Ecole(s) doctorale(s) : Sciences de la Vie, Santé, Agronomie, Environnement
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : MEDIS - Microbiologie Environnement Digestif Santé

Mots clés

Mots clés libres

Prématurés

Entérocolite Ulcéro-Nécrosante

Microbiote

Métagénomique

Bioinformatique

Premature

Necrotizing Ulcerative Enterocolitis

Microbiota

Metagenomics

Bioinformatics

Résumé

Chez les prématurés, l'entérocolite ulcéro nécrosante reste la principale cause de morbidité et de mortalité. Cette pathologie digestive sévère est caractérisée par une ischémie nécrosante de l'intestin grêle et du côlon avec translocation de micro-organismes entériques dans la circulation sanguine conduisant souvent à une septicémie fatale pour les formes graves. Le déclenchement de la maladie est multifactoriel et reste mal compris. La naissance est un challenge particulier à fort risque pour les prématurés du fait d'une immaturité de leur système digestif et de l'initiation de la colonisation microbienne digestive. Des études récentes ont montré que la modification du microbiote intestinal pourrait être un facteur majeur dans le développement de l'ECUN. Plusieurs mesures préventives essaient de limiter l'apparition de cette pathologie (allaitement maternel, administration de probiotiques et/ou prébiotiques) mais une meilleure connaissance de la physiopathologie est nécessaire afin d'améliorer le diagnostic, la prévention et les traitements. Dans ce contexte, les travaux de thèse porteront sur la caractérisation des structures des microbiotes fécaux des enfants nés prématurément, en lien avec l'apparition de l'entérocolite ulcéro nécrosante. Des signatures microbiennes prédictives seront recherchées par analyse bio-informatique des données de séquençage métagénomique. Il sera ensuite recherché les mécanismes moléculaires pouvant expliquer l'apparition de la maladie avec l'identification de signaux microbiens à l'origine ou favorisant les réactions inflammatoires exagérées. Sur la base de ces résultats de nouvelles stratégies prédictives et préventives seront recherchées et évaluées avec notamment l'identification de probiotiques de nouvelle génération.

In premature infants, ulcerative necrotizing enterocolitis remains the main cause of morbidity and mortality. This severe digestive pathology is characterized by necrotizing ischemia of the small intestine and colon with translocation of enteric microorganisms into the blood circulation often leading to fatal septicemia in severe forms. The onset of the disease is multifactorial and remains poorly understood. Birth is a particular high-risk challenge for premature babies due to the immaturity of their digestive system and the initiation of digestive microbial colonization. Recent studies have shown that alteration of the intestinal microbiota could be a major factor in the development of NEC. Several preventive measures try to limit the appearance of this pathology (breastfeeding, administration of probiotics and/or prebiotics) but better knowledge of the pathophysiology is necessary in order to improve diagnosis, prevention and treatments. In this context, the thesis work will focus on the characterization of the structures of the fecal microbiota of children born prematurely, in connection with the appearance of ulcerative necrotizing enterocolitis. Predictive microbial signatures will be sought by bioinformatics analysis of metagenomic sequencing data. Molecular mechanisms that can explain the appearance of the disease will then be sought with the identification of microbial signals causing or promoting exaggerated inflammatory reactions. On the basis of these results, new predictive and preventive strategies will be sought and evaluated, in particular the identification of new generation probiotics.