Etude génomique des séquences régulatrices négatives

Genome-wide study of negative-regulatory elements

• Auteur / Autrice : Samyuktha Damodaran
• Direction : Simona Saccani
• Type : Projet de thèse
• Discipline(s) : Interactions Moléculaires et Cellulaires
• Date : Inscription en doctorat le 14/05/2024
• Etablissement(s) : Université Côte d'Azur
• Ecole(s) doctorale(s) : Sciences de la vie et de la santé
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : INSTITUT DE RECHERCHE SUR LE CANCER ET LE VIEILLISSEMENT, NICE
• Partenaire(s) de recherche : Equipe de recherche : Transcription specificity

Mots clés

Mots clés libres

Biologie moléculaire

Biologie du développement

La génétique

Cancer

Bioinformatique

Molecular Biology

Developmental Biology

Genetics

Cancer

Bioinformatics

Résumé

La régulation précise de l'expression des gènes est à la base de la différenciation cellulaire et de la capacité à répondre aux stimuli externes, et elle est essentielle au développement des organismes multicellulaires. Alors que l'activation des gènes par les activités combinées des promoteurs et des amplificateurs distaux est largement étudiée, la répression des gènes par des éléments régulateurs négatifs agissant en cis est beaucoup moins bien comprise. On pense que le silençage génique joue un rôle essentiel dans l'établissement de modèles d'expression génique spécifiques à un type de cellule, mais la distribution des éléments de régulation négative à l'échelle du génome, ainsi que leurs mécanismes d'action, sont presque totalement inconnus. . L'objectif de ce projet est de découvrir comment ils fonctionnent au niveau moléculaire, d'identifier les cofacteurs nécessaires et de déterminer les conséquences cellulaires et pathologiques lorsque les voies de silençage sont perturbées. Cela fournira des informations cruciales sur les processus contrôlant les modèles d'expression physiologique des gènes et sur la manière dont une mauvaise régulation du silençage peut contribuer aux maladies et au cancer. Ce projet utilisera des méthodes sophistiquées de criblage fonctionnel à l'échelle du génome, ainsi que d'autres techniques avancées, notamment ChIP-seq, le ciblage de gènes et le transfert de gènes rétroviraux, et comprendra une formation à l'analyse bioinformatique des données de séquençage à haut débit.

The precise regulation of gene expression underpins cellular differentiation and the ability to respond to external stimuli, and it is essential for development of multicellular organisms. Whereas gene activation by the combined activities of promoters and distal enhancers is extensively studied, gene repression by cis-acting negative regulatory elements is much less well understood. Gene silencing is believed to play a critical role in establishing cell-type-specific gene expression patterns, yet the genome-wide distribution of negative-regulatory elements, as well as their mechanisms of action, are almost completely unknown. . The aim of this project is to discover how they function at the molecular level, to identify their required cofactors and to determine the cellular and pathological consequences when silencing pathways are disrupted. This will provide crucial insight into the processes controlling physiological gene expression patterns, and into how misregulation of silencing can contribute to diseases and cancer. This project will utilize sophisticated genome-wide functional screening methods, together with other advanced techniques including ChIP-seq, gene targeting, and retroviral gene transfer, and will include training in bioinformatic analysis of high-throughput sequencing data.