Caractérisation d'un nouveau fongicide eco-responsable issu d'extrait fungal de lichen pour des applications en agriculture

Characterization of new eco-friendly fungicide set up from endolichenic fungi for agriculture applications.

• Auteur / Autrice : Koffi Vincent Messanh
• Direction : Catherine Riou, Marion Millot
• Type : Projet de thèse
• Discipline(s) : Biologie Chimie Santé mention Sciences du végétal
• Date : Inscription en doctorat le 01/09/2024
• Etablissement(s) : Limoges
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Ω-LIM-Biologie-Chimie-Santé (Limoges ; 2022-)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Laboratoires des Agroressources, Biomolécules et Chimie pour l'Innovation en Santé

Mots clés

Mots clés libres

Extraits fongiques

Vigne

Métabolomique

Champignons phytopathogenes

Pomme de terre

Proteomique

Potato

Fungi phytopathogen

Proteomic

Grapevine

Metabolomic

Fungal extracts

Résumé

B. cinerea et Alternaria solani sont des champignons pathogènes des plantes de grande culture comme la vigne et la pomme de terre. Agents de la pourriture grise pour Botrytis et de la brûlure alternarienne pour Alternaria, ils sont responsables d'importantes pertes économiques en agriculture. Les fongicides classiques sont de moins en moins efficaces et des alternatives éco-responsables doivent être proposées dans le cadre du plan EcoPhyto2+. C'est donc dans ce contexte que ce sujet de Thèse est proposé avec l'idée de diminuer l'utilisation de molécules de synthèse. Nous pensons que les champignons endolichéniques produisent des molécules capables de lutter contre des agresseurs type champignons. Nous avons donc extrait de ces champignons, des fractions fongiques (FF) et sélectionné quelques FE candidats potentiellement interessants. Nous avons testé leurs activités sur la germination des conidies et la croissance des hyphes de 3 souches de B. cinerea et une souche d'Alternaria solani (Master II, 2024). Des études cellulaire et moléculaire pour determiner le niveau du blocage est en cours (Master II). Nous travaillons aussi sur des plantes modèles cultivées in vitro au laboratoire (vigne et pomme de terre) qui nous servirons de tests pour l'inocuité des FF selectionnés et pour la mise au point du pathosystème plante/champignon/FF. Cette mise au point du pathosysteme vigne et/ou pomme de terre/ champignon / FF le plus efficient fera l'objet de la premiere partie des travaux de thèse. Ces travaux au niveau études phénotypiques et cellulaires seront complétés d'une approche globale moléculaire OMIC (proteomique et métabolomique en presence et absence du FF). Nous espérons ainsi décrypter les différentes voies impliquées dans la résistance des plantules en contact avec le champignon inhibé par la présence du FF et tenter de comprendre le mode d'action du FF.

Fungi B. cinerea and Alternaria solani are broad-spectrum plant pathogens that cause grey powdery mould for Botrytis and early blight for Alternaria, and thus, are responsible for substantial economic loss on crops. Indeed, classical fungicides remain often poorly efficient against both fungi species. Thus, sustainable solutions including new eco-friendly molecules are needed. Indeed, in that context, we thought that endolichenic fungal extracts (FE) could be very good and safety candidates. In a preliminary study, few interesting fungal crude extracts were targeted by a broad screening. Their in vitro activities against 3 strains of B. cinerea and one of Alternaria solani on mycelium and conidia stages were evaluated (Master II, 2024). In the other hand, we are currently working with two plant models: annual plant represented by potato plantlets (var. Bintje) and perennial species by grapevine from various genetic backgrounds (Chardonnay, Merlot and Sauvignon). Both cultures are the targets of Botrytis and in a lesser extent to Alternaria, only potato clones. Phenotype studies will be performed on both fungus species, plants clones and our plant/fungus pathosystem in contact to the most efficient FE. In a first attempt, a global approach OMIC (proteomic) will be engaged on both leaves and fungus treated versus not treated by FE. We hope to characterize proteome profiles and deduce the different pathways induced in set up of plant resistance submitted to inhibitory effect of FE on fungus growth.