Écologie des populations résiduelles d'huitres plates (Ostrea edulis) en Nouvelle-Aquitaine : approche écosystémique et perspectives de conservation et de restauration écologique

Ecology of the residual native oyster population (Ostrea edulis) in Nouvelle Aquitaine : ecosystem approch and ecological restoration and conservation perspective

• Auteur / Autrice : Cynthia Carpentier
• Direction : Christine Dupuy, Stéphane Pouvreau, Isabelle Arzul
• Type : Projet de thèse
• Discipline(s) : Biologie de l'environnement, des populations, écologie
• Date : Inscription en doctorat le 21/03/2024
• Etablissement(s) : La Rochelle
• Ecole(s) doctorale(s) : EUCLIDE
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Littoral, Environnement et sociétés

Mots clés

Mots clés libres

Huître plate

Restauration

Écologie

Ospar

Conservation écologique

Ecosystème

Native oyster

Restoration

Ecology

Ospar

Ecological conservation

Ecosystem

Résumé

Perçus comme inépuisables, les gisements naturels d'huîtres plates (Ostrea edulis) ont atteint, après plus de 200 ans d'exploitation et l'occurrence de deux épizooties parasitaires dues à Marteilia refringens et Bonamia ostreae, un état cryptique. Depuis 2013, O. edulis est ainsi reconnue comme espèce et habitat en danger par la convention OSPAR. En Nouvelle-Aquitaine, les huîtres plates appelées historiquement « Gravettes » dans le Bassin d'Arcachon et « Marenne » dans les Pertuis charentais, ont presque entièrement disparu. L'huître plate est pourtant une espèce patrimoniale à intérêts variés (patrimonial, économique, environnemental). Notamment, de par sa formation en récif biogénique, les gisements d'O. edulis confère à son environnement de multiples services écosystémiques tels qu'une zone de refuge pour les invertébrés marins, une nurserie pour des espèces pélagiques telles que les seiches. Dans ce contexte, CAPENA lance en 2021 un projet d'étude des gisements naturels résiduels d'huîtres plates en Nouvelle-Aquitaine : le projet REFONA (REstoration of Flat Oyster in Nouvelle Aquitaine), qui permettra d'envisager des stratégies de restauration et de conservation de cette espèce ingénieure de son écosystème. La première phase de travail de REFONA (2021-2023) a permis de localiser les populations résiduelles régionales. Une 1ère détermination de l' « habitat huître plate » a ainsi pu être mis en évidence et des premiers éléments de caractérisation des populations résiduelles (état de santé, diversité génétique, densité, …) sont ressortis. L'objectif du projet de recherche de ce doctorat portera ainsi sur la poursuite de la caractérisation des gisements résiduels. En effet, avant et afin d'envisager la ou les stratégies de restauration et de conservation de cette espèce patrimoniale, il est primordial de connaitre les pressions environnementales ou les facteurs limitant le développement de ces populations d'huîtres plates de Nouvelle-Aquitaine. Au vu des résultats obtenus dans REFONA et des limites de certaines données, il s'avère essentiel de poursuivre l'étude de la structure et du fonctionnement de ces populations menacées mais aussi de leur environnement associé. Ce travail permettra, dans un second temps, d'identifier les facteurs limitant le développement des gisements d'huîtres plates. Ces facteurs comprennent aussi bien l'environnement physique (substrat, température…) que biologique (ressource trophique, déterminisme du recrutement...). Le projet s'intéressera ainsi à la reproduction et au recrutement des populations d'huîtres plates résiduelles, la croissance et la survie des individus les composants. D'autres facteurs déterminants seront également étudiés : la ressource trophique disponible, la prédation et les autres pressions éventuelles : anthropiques et/ou environnementales. En intégrant ces résultats ainsi que ceux de REFONA 1, le projet de recherche permettra ainsi de développer un modèle statistique de ''l'habitat huître plate'' en Nouvelle-Aquitaine. À la lumière de ces résultats, des tests de méthodologies de restauration seront menés au sein des territoires des Parcs naturels marins afin d'aiguiller la définition des meilleures stratégies envisagées pour réhabiliter l'huître plate en Nouvelle-Aquitaine.

Perceived as inexhaustible, natural beds of flat oysters (Ostrea edulis) have reached a cryptic state after over 200 years of exploitation and the occurrence of two parasitic epizootics caused by Marteilia refringens and Bonamia ostreae. Since 2013, O. edulis has been recognized as a species and habitat at risk by the OSPAR Convention. In Nouvelle-Aquitaine, flat oysters historically known as ''Gravettes'' in Arcachon bay and ''Marenne'' in the Pertuis Charentais have almost entirely disappeared. Yet, the native oyster is a heritage species with various interests (economic, environmental). Particularly, due to its formation of biogenic reefs, O. edulis beds provide multiple ecosystem services such as a refuge zone for marine invertebrates and a nursery for pelagic species such as cuttlefish. In this context, CAPENA launched a project in 2021 to study the residual natural beds of flat oysters in Nouvelle-Aquitaine: the REFONA project (REstoration of Flat Oyster in Nouvelle Aquitaine), which will enable the development of restoration and conservation strategies for this ecosystem engineering species. The first phase of REFONA (2021-2023) has identified the locations of regional residual populations. An initial determination of the ''native oyster habitat'' has been highlighted, and preliminary characterization of the residual populations (health status, genetic diversity, density, etc.) has been revealed. The objective of this doctoral research project will therefore focus on further characterizing the residual beds. Indeed, before considering restoration and conservation strategies for this heritage species, it is essential to understand the environmental pressures or limiting factors affecting the development of these flat oyster populations in Nouvelle-Aquitaine. Given the results obtained in REFONA and the limitations of some data, it is crucial to continue studying the structure and functioning of these threatened populations and their associated environment. In a second time, this project will identify the factors limiting the development of flat oyster beds. These factors include both physical (substrate, temperature, etc.) and biological (trophic resource, recruitment determinism, etc.) environmental. The project will thus investigate the reproduction and recruitment of residual native oyster populations, as well as the growth and survival of individual components. Other determining factors will also be studied, including available trophic resources, predation, and other potential pressures: anthropogenic and/or environmental. By integrating these results along with those of REFONA, the research project will develop a statistical model of the ''flat oyster habitat'' in Nouvelle-Aquitaine. Considering these results, restoration methodology tests will be conducted within the territories of marine natural parks to guide the definition of the best strategies for rehabilitating the flat oyster and its habitat in Nouvelle-Aquitaine.