Etude de l'épidémiologie génomique des virus responsables d'infections respiratoires aigues au Sénégal.

Study of the genomic epidemiology of viruses responsible for acute respiratory infections in Senegal.

• Auteur / Autrice : Anna Ndiaye
• Direction : Pierre-Edouard Fournier, Cheikh Sokhna
• Type : Projet de thèse
• Discipline(s) : Biologie-Santé - Spécialité Microbiologie
• Date : Inscription en doctorat le 19/08/2021
• Etablissement(s) : Aix-Marseille en cotutelle avec Université Cheikh Anta Diop de Dakar
• Ecole(s) doctorale(s) : Ecole Doctorale Sciences de la Vie et de la Santé
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : RITMES - Risques Infectieux Tropicaux, Microorganismes EmergentS
• Partenaire(s) de recherche : Equipe de recherche : VITROME - E6 - Surveillance épidémiologique et moléculaire des maladies infectieuses

Mots clés

Mots clés libres

Sénégal

Infections respiratoires aigues

Virus respiratoires

Séquençage à haut débit

Diversité génétique

Senegal

Acute respiratory Infections

Respiratory virus

Ngs

Genetic diversity

Résumé

Les infections respiratoires aigües (IRA) représentent un problème majeur de santé publique car étant la principale cause de morbidité et de mortalité attribuées aux maladies infectieuses dans le monde. Elles sont des pathologies ubiquitaires très fréquentes, touchant aussi bien les adultes que les enfants. Selon l'OMS, près de 4 millions de personnes meurent annuellement d'infections respiratoires aiguës. Les infections respiratoires aigües basses (IRAB) occupent la plus importante place dans le taux de morbidité et de mortalité attribué aux infections respiratoires aigües. Selon les estimations sanitaires mondiales durant ces 20 dernières années, l'OMS a aussi classé les IRAB au quatrième rang des principales causes de décès dans le monde en 2019 avec 2.6 millions de décès. Comparées aux IRAB, les infections respiratoires aigües hautes représentent un faible taux de morbidité et de mortalité avec moins de 1% des décès dues aux IRA en 2015 et en 2019. Au Sénégal, les IRA sévissent de façon endémique et constituent la deuxième cause de mortalité dans le pays pour les deux sexes de tout âge avec 44.1 décès pour 100.000 habitants. En 2019, elles ont été à l'origine de 7200 décès dans la population générale et tout âge confondu. Chez les enfants de moins de 5 ans, les IRA représentant 45% de leur cause de décès au Sénégal. Il a été démontré par quelques études que les virus constituent la principale étiologie de ces IRA au Sénégal. Les études de caractérisation moléculaire au Sénégal n'ont évalué que la diversité génétique des virus mis en cause dans le syndrome grippal. Ainsi les génotypes associés aux IRA et à leur sévérité reste largement inconnue. En utilisant des outils plus informatifs et puissants telles que les technologies de séquençage de nouvelle génération (NGS), une meilleure description de cette diversité génétique pourra être envisagée. Ce travail de thèse s'inscrit dans cette dynamique et s'est fixé comme objectif principal de contribuer à une meilleure connaissance de la diversité génétique des souches virales responsables des infections respiratoires aigües chez les enfants de moins de 15 ans en milieu urbain au Sénégal. En vue d'atteindre ce but, avec l'équipe du Pr Pierre-Edouard FOURNIER, des approches syndromiques pour la détection moléculaire ainsi que des approches de séquençage génomique et métagénomique et de la culture cellulaire seront utilisées.

Acute respiratory infections (ARI) represent a major public health problem as they are the main cause of morbidity and mortality attributed to infectious diseases in the world. They are very frequent ubiquitous pathologies, affecting both adults and children. According to the WHO, nearly 4 million people die annually from acute respiratory infections. Acute lower respiratory infections (ALRI) occupy the largest share of morbidity and mortality attributed to acute respiratory infections. Based on global health estimates over the past 20 years, WHO has also ranked ARIB as the fourth leading cause of death worldwide in 2019 with 2.6 million deaths. Compared to ARI, upper respiratory infections represent a low morbidity and mortality rate with less than 1% of ARI deaths in 2015 and 2019. In Senegal, ARI is endemic and is the second leading cause of death in the country for both sexes of all ages with 44.1 deaths per 100,000 population. In 2019, they were the cause of 7200 deaths in the general population and all ages. In children under 5 years of age, ARI accounted for 45% of their cause of death in Senegal. It has been shown by some studies that viruses are the main etiology of ARI in Senegal. Molecular characterization studies in Senegal have only assessed the genetic diversity of viruses involved in the influenza syndrome. Thus, the genotypes associated with ARI and its severity remain largely unknown. By using more informative and powerful tools such as next generation sequencing (NGS) technologies, a better description of this genetic diversity could be envisaged. The main objective of this thesis is to contribute to a better understanding of the genetic diversity of viral strains responsible for acute respiratory infections in children under 15 years of age in urban Senegal. In order to achieve this goal, syndromic approaches for molecular detection as well as genomic and metagenomic sequencing and cell culture approaches will be used with the team of Pr Pierre-Edouard FOURNIER.