Détection de l'instabilité des microsatellites dans les Cancers par Séquençage de Nouvelle Génération Ultra-Sensible. Exploitation à visée Diagnostique et Thérapeutique.

Detection of Microsatellite Instability in Cancers by Ultra-Sensitive Next Generation Sequencing. Exploitation for Diagnostic and Therapeutic issues.

• Auteur / Autrice : Erell Guillerm
• Direction : Alex Duval, Florence Coulet
• Type : Projet de thèse
• Discipline(s) : Bioinformatique et biologie des systèmes
• Date : Inscription en doctorat le 22/11/2022
• Etablissement(s) : Sorbonne université
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Physiologie, Physiopathologie et Thérapeutique (Paris ; 2000-....)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Centre de recherche Saint-Antoine (Paris ; 2009-....)
• Partenaire(s) de recherche : Equipe de recherche : Instabilité des Microsatellites et Cancer

Mots clés

Mots clés libres

Instabilité

Microsatellites

Cancer

Ngs

Instability

Microsatellite

Cancer

Ngs

Résumé

L'instabilité des microsatellites (MSI) est caractérisée dans l'ADN tumoral par la variation du nombre de nucléotides dans les régions répétées. Elle signe l'inactivation du système de réparation des mésappariements (MMR). Le MSI est un phénotype tumoral retrouvé dans la quasi-totalité des cancers du syndrome de Lynch mais également dans certains cancers sporadiques. La mise en évidence du MSI n'est réalisée en routine que sur de l'ADN tumoral pour le diagnostic et pour orienter la thérapie à un stade métastatique ce qui est limitant pour les patients. L'objectif du projet est d'élaborer un biomarqueur avec un panel de marqueurs microsatellitaires en utilisant le séquençage de nouvelle génération ultra profond (NGS) sur de l'ADN de tissus sains et sur de l'ADN tumoral circulant chez des malades non opérables. Les buts étant de réaliser un diagnostic précoce de la maladie, de réaliser un suivi thérapeutique mais également de détecter une récidive de façon précoce. Ce projet améliorera significativement le diagnostic, sans a priori sur la localisation du cancer primitif et aura un impact translationnel sur la prise en charge des patients porteurs d'une MSI.

Microsatellite instability (MSI) is characterized in tumor DNA by the variation in the number of nucleotides in the repeated regions. It signals the inactivation of the mismatch repair system (MMR). MSI is a tumor phenotype found in almost all Lynch syndrome cancers but also in some sporadic cancers. The detection of MSI is routinely only performed on tumor DNA for diagnosis and to guide therapy at a metastatic stage, which is limiting for patients. The objective of the project is to develop a biomarker with a panel of microsatellite markers using next-generation ultra-deep sequencing (NGS) on DNA from healthy tissues and on tumor DNA circulating in non-operable patients. . The goals are to make an early diagnosis of the disease, to carry out a therapeutic follow-up but also to detect a recurrence early. This project will significantly improve diagnosis, without prejudice to the location of the primary cancer, and will have a translational impact on the management of patients with MSI.