Etude des bases moléculaires de « decision-making » dans la signalisation en aval des kinases de la famille SRC

Study of the molecular basis of “decision-making” in signaling downstream the SRC-family kinases through the coupling between optotgenetic control, proximity labelling and phosphoproteomics.

• Auteur / Autrice : Elizaveta Sekretova
• Direction : Olivier Destaing
• Type : Projet de thèse
• Discipline(s) : Biologie cellulaire
• Date : Inscription en doctorat le 22/04/2024
• Etablissement(s) : Université Grenoble Alpes
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale chimie et science du vivant
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : IAB : Institute for Advanced Biosciences (UGA / Inserm U1209 / CNRS UMR 5309)

Mots clés

Mots clés libres

Src kinase

Optogénétique

Invasion

SRC-family kinases

Optogenetics

Invasion

Résumé

The goal of this PhD work will be to combine optogenetic activation of our optoSFKs with both proximity labelling approach (Apex, biOID) and phosphoproteomic. Our lab is expert in optogenetic control of cell signaling and has developed numerous optogenetic probes to control each members of the SFK. Proximity labelling approach (Apex, biOID) is a rapidly developing technique. It allows to identify directly in the living cell the proximate molecular environment of a protein of interest thanks to its labeling by biotinylation. The tagged proteins are then extracted and analyzed by mass spectrometry. We will couple our optoprobes with both proximity labeling analysis and also phosphoproteomic. Thus, we will be able to activate specifically a signaling event (downstream the activation of a specific optokinase) and then map both the molecular environment associated with the optoprobe and its transfer of information through identification of downstream phosphorylated proteins. The obtained data will be then analyzed through dedicated network pipe-line of interactomic networks developed jointly with Dr C. Brun from TAGC-Marseille. To our knowledge, such an experimental setup has never been published and will be a new way to redefine signaling pathways without a priori.

L'objectif de ce travail de doctorat sera de mieux comprendre les bases moléculaires de la signalisation SRC. Pour cela, nous proposons de combiner l'activation optogénétique de nos optoSFKs avec une approche de marquage de proximité (Apex, biOID) et de phosphoprotéomique. Nous couplerons nos optosondes à la fois à l'analyse par marquage de proximité et à la phosphoprotéomique. Ainsi, nous pourrons activer spécifiquement un événement de signalisation (en aval l'activation d'une optokinase spécifique) et ensuite cartographier à la fois l'environnement moléculaire associé à l'optosonde et son transfert d'information par l'identification des protéines phosphorylées en aval. Les données obtenues seront ensuite analysées par le biais d'un réseau dédié de réseaux interactomiques développé conjointement avec le Dr C. Brun du TAGC-Marseille.