Contribution des micro-organismes aux indicateurs BEE Habitatspélagiques de la DCSMM : Cas d'étude des analyses par cytométrieen flux en Méditerranée occidentale

Contribution of microorganisms to Good Ecological Status indicators of pelagic habitats in the Marine Strategy Framework Directive: Case study of flow cytometry analyses in the Western Mediterranean.

• Auteur / Autrice : Mathilde Couteyen carpaye
• Direction : Gérald Grégori, David Nerini
• Type : Projet de thèse
• Discipline(s) : Sciences de l'environnement: Océanographie
• Date : Inscription en doctorat le 01/02/2024
• Etablissement(s) : Aix-Marseille
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Sciences de l'Environnement (Aix-en-Provence ; 1996-....)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : MIO - Institut Méditerranéen d'Océanographie, UM 110

Mots clés

Mots clés libres

Micro-organismes

Cytométrie

Méditerranée

Microorganism

Cytometry

Mediterranean

Résumé

Le projet CYTOMED se concentre sur la sous-région marine (SRM) Méditerranée occidentale (MO), en utilisant les données des services d'observation SOMLIT, REPHY/PHYTOBS. Il explore les micro-organismes planctoniques (pico- et nanoplanctoniques) souvent négligés mais cruciaux pour l'écosystème marin. Jusqu'à présent, les études se sont concentrées sur les microphytoplanctons (> 20 µm), négligeant les composantes plus petites. Le projet vise à mieux comprendre la dynamique spatio-temporelle de ces micro-organismes, analysant les données de 2012 à ce jour dans la SRM MO. Deux objectifs majeurs sont fixés : (1) analyser la variabilité des communautés à différents sites côtiers et au large, en considérant la structure, la saisonnalité et la variabilité à long terme ; (2) développer des indicateurs du Bon État Écologique (BEE) pour le programme Habitats pélagiques de la Directive Cadre Stratégie pour le Milieu Marin (DCSMM), en intégrant les données de cytométrie dans les calculs d'indicateurs existants. Les résultats attendus incluent des indicateurs basés sur les composantes microbiennes, des recommandations méthodologiques pour le programme de surveillance, l'identification de zones critiques, et des outils numériques transposables. En résumé, CYTOMED contribuera à une meilleure compréhension de la dynamique planctonique dans la SRM MO, avec des implications pour la surveillance environnementale à l'échelle locale et régionale.

The CYTOMED project focuses on the marine sub-region (SRM) of the Western Mediterranean (MO), utilizing data from the observation services SOMLIT, REPHY/PHYTOBS. It explores planktonic microorganisms (pico- and nanoplankton) often overlooked but crucial for the marine ecosystem. So far, studies have focused on microphytoplankton (> 20 µm), neglecting smaller components. The project aims to better understand the spatiotemporal dynamics of these microorganisms, analyzing data from 2012 to the present in the SRM MO. Two main objectives are set: (1) analyze community variability at different coastal and offshore sites, considering structure, seasonality, and long-term variability; (2) develop indicators of Good Ecological Status (GES) for the Pelagic Habitats program of the Marine Strategy Framework Directive (MSFD), integrating cytometry data into existing indicator calculations. Expected outcomes include indicators based on microbial components, methodological recommendations for the monitoring program, identification of critical areas, and transposable digital tools. In summary, CYTOMED will contribute to a better understanding of planktonic dynamics in the SRM MO, with implications for environmental monitoring at the local and regional levels.