Doctorat en métabolomique des maladies métaboliques par LC-HRMS

PhD studentship in untargeted metabolomics of metabolic diseases by UHPLC-HRMS

• Auteur / Autrice : Chaima Touaibi
• Direction : Marc-Emmanuel Dumas
• Type : Projet de thèse
• Discipline(s) : Physiologie, Biologie des organismes, populations, interactions - MED
• Date : Inscription en doctorat le 01/11/2023
• Etablissement(s) : Université de Lille (2022-....)
• Ecole(s) doctorale(s) : École graduée Biologie-Santé (Lille ; 2000-....)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Metabolic functional (epi)genomics and molecular mechanisms involved in type 2 diabetes and related diseases
• Partenaire(s) de recherche : Equipe de recherche : Metabolic functional (epi)genomics and their abnormalities in type 2 diabetes and related disorders

Mots clés

Mots clés libres

Métabolomique

Chimie analytique

Spectrométrie de masse

Metabolomics

Analytical chemistry

Mass spectrometry

Résumé

L'objectif de ce projet est d'améliorer et appliquer une méthodologie métabolomique par chromatographie liquide ultra-haute performance couplée à la spectrométrie de masse haute résolution (UHPLC-HRMS) pour l'étude du microbiome humain et caractériser son rôle dans les maladies métaboliques, incluant obésité, diabète de type 2, maladies du foie gras et leurs complications cardiovasulaires ou rénales. Le/La candidat/e participera à la mise en place de bases de données et de l'analyse des données de spectrométrie de masse générées par l'équipe: • Développement et validation de méthodes d'extraction d'échantillons et de chomatographie liquide pour le profilage ouvert (non-ciblé) dans les biofluides, tissus et fèces par chromatographie d'interaction hydrophilique (HILIC) et de phase inverse (C18) couplées à une détection par spectrométrique de mass haute résolution dans diverses matrices biologiques • Identification de novo et attribution structural de métabolites et de substances naturelles • Identification de metabolites par méthodes bBioinformatiques ou chmioinformatiques • Co-developpement et validation d'une chimiothèque et une basee de données spectrale de standards chimiques purs • Implémentation d'analyses de réseaux moléculaires par le biais de GNPS • Développement de méthodes de quantification isotopique ciblée et de méthodes simultanées de quantification et profilage de découverte (SQUAD)

The objective of this PhD project is to develop and apply comprehensive ultra-high performance liquid chromatography coupled to high-resolution mass spectrometry (UHPLC-HRMS) metabolomic workflows to profile human and mammalian biofluids and tissue samples and characterize the novel metabolic pathways involved in metabolic diseases and associated fields such as obesity, type 2 diabetes, non-alcoholic fatty liver disease and their cardiovascular or renal complications. The successful candidate will oversee implementing and applying the relevant and innovative methodologies: • Development of extraction and chromatographic methods for open profiling in biofluids, tissues and faeces by hydrophilic interaction (HILIC) and reverse phase (C18) chromatography and HRMS In various biological matrices • De novo identification and structural assignment of metabolites and natural products • Bioinformatic/chemometric metabolite ID through online resources • Co-development of a comprehensive chemical standards database • Development of targeted isotopic quantification methods and towards simultaneous quantification and discovery (SQUAD) methods