Caractérisation biochimique et structurale du complexe membranaire unique dans le Système de Sécrétion de Type VI des Bacteroidota

Biochemical and structural characterization of the unique membrane complex in the Bacteroidota Type VI Secretion System

• Auteur / Autrice : Thibault Bongiovanni
• Direction : Eric Durand
• Type : Projet de thèse
• Discipline(s) : Biologie-Santé: Biochimie structurale
• Date : Soutenance en 2024
• Etablissement(s) : Aix-Marseille
• Ecole(s) doctorale(s) : Ecole Doctorale Sciences de la Vie et de la Santé
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : LCB - Laboratoire de Chimie Bactérienne
• Partenaire(s) de recherche : Equipe de recherche : LCB - Virulence Nano-Macromolecular Machinosome
• Jury : Président / Présidente : Romé Voulhoux
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Eric Durand, Juan Reguera, Petya Krasteva, Isabelle Schalk, Nadia Izadi-pruneyre, Antoine Taly
• Jury : Rapporteur / Rapporteuse : Isabelle Schalk, Nadia Izadi-pruneyre

Mots clés

Mots clés libres

Structure

Virulence

Cryo-em

Bacteroides fragilis

Cancer

Microbiologie

Structural

Virulence

Cryo-em

Bacteroides fragilis

Cancer

Microbiology

Résumé

Le Système de Sécrétion de Type VI (T6SS) est une nanomachine presente chez 25% des bacteries didermes. Sa fonction est d’injecter dans les cellules adjacentes une toxine, dans un but de compétiton bactérienne. Bacteroides fragilis est une bactérie diderme du tractus digestif humain jouant plusieurs roles, tel que la dégradation des glucides ou l’immunomodulation. Sa présence peut cependant être un probleme de santé majeur a cause notamment d’une toxine, BFT. La présence de cette toxine chez une souche de B. fragilis la classe dans la catégorie des EnteroToxigenic Bacteroides Fragilis (ETBF). La présence de ETBF dans le tractus digestif est hautement corrélé au développement du cancer du colon et de scepticémies. Le cancer du colon est le troisième cancer le plus répandu et le deuxieme cancer le plus meurtrier, après le cancer des poumons. On compte près de 2 millions de nouveaux cas en 2020 et près d’1 million de décès. Le T6SS présent chez B. fragilis est encore peu étudié, il reprends les composants classiques retrouvés chez le T6SS des Protéobactéries, mais les genes codant pour son complexe membranaire, un élément clé du T6SS, sont absents de son génome. Mon projet de thèse vise a la caractérisation des 5 protéines codées par les genes présents dans le locus de fonction inconnue jusqu’à lors : tssNQOPR.

The Type VI Secretion System (T6SS) is a nanomachine present in 25% of diderm bacteria. Its function is to inject a toxin into adjacent cells for bacterial competition. Bacteroides fragilis is a diderm bacterium of the human digestive tract playing several roles, such as the degradation of carbohydrates or immunomodulation. However, its presence can be a major health problem due to a toxin, BFT. The presence of this toxin in a strain of B. fragilis classifies it in the category of EnteroToxigenic Bacteroides Fragilis (ETBF). The presence of ETBF in the digestive tract is highly correlated with the development of colon cancer and septicemia. Colon cancer is the third most common cancer and the second most deadly cancer, after lung cancer. There were nearly 2 million new cases in 2020 and nearly 1 million deaths. The T6SS present in B. fragilis is still poorly studied; it includes the classic components found in the T6SS of Proteobacteria, but the genes coding for its membrane complex, a key element of the T6SS, are absent from its genome. My thesis project aims to characterize the 5 proteins encoded by the genes present in the locus of previously unknown function : tssNQOPR.