Bases génétiques de l'aptitude au mélange inter-spécifique : identification de régions génomiques et compromis génétiques pour la sélection

Genetic basis of inter-specific mixing ability: identification of genomic regions and genetic trade-offs for breeding

• Auteur / Autrice : Jemay Salomon
• Direction : Jérôme Enjalbert, Timothée Flutre
• Type : Projet de thèse
• Discipline(s) : Génétique
• Date : Inscription en doctorat le 01/10/2023
• Etablissement(s) : université Paris-Saclay
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Sciences du Végétal : du gène à l'écosystème
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Génétique quantitative et évolution-Le Moulon (Gif-sur-Yvette, Essonne ; 2002-....)
• Partenaire(s) de recherche : Equipe de recherche : DEAP : Diversité, Evolution et Adaptation des Populations
• Partenaire(s) de recherche : Référent : Faculté des sciences d'Orsay

Mots clés

Mots clés libres

Génétique d'association

Interactions plante-plante

Cultures associées

Résistance aux maladies

Prédiction géno-phénomique

Plasticité phénotypique

Intercropping

Association genetics

Geno-phenomic predictions

Plant-plant interactions

Phenotypic plasticity

Disease resistance

Résumé

Pour réaliser la transition agroécologique, l'adaptation au changement climatique et la sobriété énergétique, la diversification intra-parcelle est un levier majeur, notamment la pratique en grandes cultures consistant à semer en mélange une céréale et une légumineuse. Les rendements d'un génotype en monoculture et en mélange sont connus pour ne pas être parfaitement corrélés, mais les études antérieures ont mobilisé une diversité phénotypique et génétique relativement restreinte. Il est nécessaire d'évaluer l'importance des interactions génotype-peuplement sur un panel suffisamment diversifié. Ce projet de thèse vise donc à étudier les bases génétiques de l'aptitude au mélange inter-spécifique et de la plasticité phénotypique en fonction de l'hétérogénéité des interactions plante-plante, en prenant le blé associé au pois comme cas d'étude. L'objectif consiste notamment à (i) identifier des régions génomiques chez le blé associées à l'aptitude au mélange avec le pois, ainsi que des caractères pouvant servir de proxys utiles en sélection, et (ii) évaluer les prédictions génomique et phénomique pour l'aptitude au mélange.

Within-field diversification is a major lever to achieve the agroecological transition, under the raising constraints of climate change and energy sobriety. One timely and efficient way to practice this within field diversification is to sow a cereal and a legume in mixture. However, the yields of a genotype observed in monoculture and mixture are known to be sometimes poorly correlated. However previous studies have mobilized a relatively limited phenotypic and genetic diversity, and it remains necessary to evaluate the importance of genotype-plant interactions on a sufficiently diverse panel. This thesis project therefore aims to study the genetic basis of interspecific mixing ability and phenotypic plasticity as a function of the heterogeneity of plant-plant interactions, using wheat associated with pea as a case study. The objective is to (i) identify genomic regions in wheat associated with mixing ability with pea, as well as traits that can serve as useful proxies in breeding, and (ii) evaluate genomic and phenomic predictions for mixing ability.