Surveillance et recherche opérationnelle One Health sur les maladies infectieuses émergentes en Afrique de l'ouest : l'exemple du réseau 4S au Sénégal

Surveillance and One Health operational research on emerging infectious diseases in West Africa: the example of the 4S network in Senegal

• Auteur / Autrice : Mamadou Barry
• Direction : Denis Malvy
• Type : Projet de thèse
• Discipline(s) : Santé publique Option Epidémiologie
• Date : Inscription en doctorat le 06/11/2023
• Etablissement(s) : Bordeaux
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Sociétés, politique, santé publique (Talence, Gironde ; 2011-....)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Bordeaux Research Center for Population Health
• Partenaire(s) de recherche : Equipe de recherche : E2 - Global Health in the global South_GHiGS

Mots clés

Mots clés libres

Réseau 4S

Surveillance

Fièvre Hémorragique Crimée-Congo

One Health

Afrique de l'ouest

Sénégal

4S Network

Surveillance

Crimean-Congo Hemorrhagic Fever

One Health

West Africa

Senegal

Résumé

Les maladies infectieuses émergentes (MIE) représentent des préoccupations majeures de santé publique à l'échelle mondiale, et particulièrement en Afrique où leur impact sur les populations vulnérables est important et où les outils de surveillance mis en place pour leur détection précoce et une réponse efficace sont souvent inadéquats. La récente pandémie de COVID-19 a mis en évidence les faiblesses des systèmes de santé africains en matière de surveillance et de riposte. Les changements climatiques et environnementaux, l'action anthropique, les mouvements d'animaux et vectoriels entrainent des bouleversements écosystémiques qui représentent de véritables menaces pour l'émergence de maladies zoonotiques dans le futur. A titre d'exemple, la propagation de certaines maladies infectieuses, comme celles transmises par le moustique tigre ou la tique, est déjà en train de s'accélérer à travers le monde, y compris au Sénégal notamment dans la région de Matam, située au Nord, et considérée comme une zone d'endémie pour les virus de la Fièvre Hémorragique Crimée-Congo (FHCC)…. Face à cette situation, les systèmes de surveillance continuent le plus souvent à opérer en silo avec des dispositifs sectoriels très peu interconnectés. De plus, il n'y a que des données très parcellaires sur l'utilité de la surveillance One Health et l'opérationnalisation du concept. Le virus de la FHCC est parmi ces maladies émergentes, touchant l'homme, les animaux domestiques et sauvages, qui sont devenues endémiques en Afrique de l'ouest. Une recrudescence des cas a été observée ces dernières années, probablement liée à une dissémination de la tique favorisée par les changements climatiques. Cependant, peu de données sont à ce jour produites sur les déterminants de son émergence et la dynamique de transmission entre les humains, les vecteurs et les animaux ainsi que l'impact du changement climatique dans cette dynamique pour orienter les stratégies de lutte. Grace à une collaboration entre le Ministère de la santé et l'Institut Pasteur de Dakar (IPD), un réseau de surveillance sentinelle syndromique (réseau 4S) a été mis en place au Sénégal depuis 2012 afin de détecter précocement et d'investiguer les MIE. Plusieurs projets de recherche opérationnelle sur les MIE ont été mis en place dans les sites sentinelles du réseau 4S incluant des approches intégrées One Health au cours des 5 dernières années. Dans cette thèse, nous analyserons des données qui ont été collectées durant cette collaboration, sur les sites du réseau 4S. Il s'agit d'une thèse de publications, dans laquelle seront présentés 3 études. La première étude utilisera les données de surveillance humaine de l'ensemble des sites sentinelles du réseau 4S de 2015 à 2023. Nous décrirons les défis et les étapes impliqués dans le développement d'un système de surveillance sentinelle au Sénégal et évaluerons les informations opportunes qu'il fournit en temps réel pour améliorer la prise de décision en santé publique. La deuxième étude consistera à caractériser et à évaluer la plus-value d'un système de surveillance One Health dans l'écosystème de Matam. La troisième étude portera sur la dynamique de la transmission du virus de FHCC au Sénégal à partir des données d'investigation de terrain et de recherche opérationnelle collectées suite à des détections de flambées épidémiques et de surveillance à travers les sites sentinelles du réseau 4S. Cette thèse apportera trois contributions principales. D'abord, la description d'un système innovant de surveillance et son impact dans la prise de décision en terme de santé publique. Puis, elle explorera comment une approche One Health peut renforcer la surveillance et anticiper l'émergence d'épidémies. Et finalement, elle permettra de comprendre, par des investigations de terrain et de recherche opérationnelle à partir des données de surveillance humaine, vectorielle et environnementale, la dynamique de transmission de la FHCC au Sénégal.

Emerging infectious diseases (EIDs) represent major public health concerns worldwide, and particularly in Africa, where their impact on vulnerable populations is significant, and where the surveillance tools in place for their early detection and effective response are often inadequate. The recent COVID-19 pandemic highlighted the weaknesses of African health systems in terms of surveillance and response. Climate and environmental change, anthropogenic action, animal and vector movements are causing ecosystem upheavals that represent real threats to the emergence of zoonotic diseases in the future. For example, the spread of certain infectious diseases, such as those transmitted by tiger mosquitoes or ticks, is already accelerating worldwide, including in Senegal, notably in the northern Matam region, considered an endemic zone for viruses such as Crimean-Congo Hemorrhagic Fever (CCHF) .... Faced with this situation, surveillance systems continue to operate in silos, with very little interconnection between sectoral systems. What's more, data on the usefulness of One Health surveillance and the operationalization of the concept are patchy. The CCHF virus is one of a number of emerging diseases affecting humans, domestic animals and wildlife that have become endemic in West Africa. An upsurge in cases has been observed in recent years, probably linked to the spread of ticks favored by climate change. However, to date, little data has been produced on the determinants of its emergence and the transmission dynamics between humans, vectors and animals, or on the impact of climate change on these dynamics, to guide control strategies. Thanks to a collaboration between the Ministry of Health and the Institut Pasteur de Dakar (IPD), a syndromic sentinel surveillance network (4S network) has been in place in Senegal since 2012 to detect early and investigate EIDs. Several operational research projects on EIDs have been set up in the sentinel sites of the 4S network including integrated One Health approaches over the last 5 years. In this thesis, we will analyze data collected during this collaboration at 4S network sites. This is a publication thesis, in which 3 studies will be presented. The first study will use human surveillance data from all sentinel sites in the 4S network from 2015 to 2023. We will describe the challenges and steps involved in developing a sentinel surveillance system in Senegal, and evaluate the timely information it provides in real time to improve public health decision-making. The second study will characterize and assess the added value of a One Health surveillance system in the Matam ecosystem. The third study will focus on the dynamics of CCHF virus transmission in Senegal, based on field investigation and operational research data collected following the detection of epidemic outbreaks and surveillance through the sentinel sites of the 4S network. This thesis will make three main contributions. First, it will describe an innovative surveillance system and its impact on public health decision-making. Then, it will explore how a One Health approach can strengthen surveillance and anticipate the emergence of epidemics. And finally, through field investigations and operational research based on human, vector and environmental surveillance data, it will help us to understand the transmission dynamics of CCHF in Senegal.