Croissance de l’anguille européenne en milieu lagunaire méditerranéen : comparaison inter-habitats de la démographie, des tactiques d'utilisation de l'habitat et de la condition des futurs géniteurs

Growth of European eel in Mediterranean lagoons: inter-habitat comparison of demography, habitat use tactics and condition of future spawners

• Auteur / Autrice : Amélie Hoste
• Direction : Jean-Christophe Poggiale
• Type : Projet de thèse
• Discipline(s) : Sciences de l'environnement: Océanographie
• Date : Soutenance en 2024
• Etablissement(s) : Aix-Marseille
• Ecole(s) doctorale(s) : École Doctorale Sciences de l'environnement (Aix-en-Provence)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : MIO - Institut Méditerranéen d'Océanographie, UM 110
• Jury : Président / Présidente : Hervé Capra
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Jean-Christophe Poggiale, Caroline Durif, Etienne Prevost, Anthony Acou, Audrey Darnaude, Delphine Nicolas
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Caroline Durif, Etienne Prevost

Mots clés

Mots clés libres

Anguilla anguilla

Lagune méditerranéenne

Modélisation bayésienne

Croissance

Otolithes

Etat sanitaire

Anguilla anguilla

Mediterranean lagoon

Bayesian models

Growth

Otoliths

Health status

Résumé

L'anguille européenne (Anguilla anguilla) est une espèce panmictique au cycle de vie complexe, se reproduisant en mer et grandissant dans les eaux continentales, sur une vaste zone allant des côtes nord-africaines au nord de l’Europe. Comme d'autres poissons migrateurs diadromes, elle est confrontée à de multiples menaces. Depuis les années 1980, son recrutement a chuté de plus de 95 %. Classée en danger critique d'extinction, l’anguille bénéficie depuis 2007 d’un règlement européen visant à reconstituer son stock, avec notamment des mesures axées sur l'augmentation du nombre d'anguilles argentées, futurs reproducteurs. Une meilleure compréhension de la croissance de l'anguille durant sa phase continentale est cruciale, car c'est à ce stade que des mesures de gestion efficaces peuvent être appliquées. Lors de cette phase, l'anguille peut coloniser une grande diversité d'habitats que ce soit entre individus ou pour un même individu, illustrant sa remarquable plasticité phénotypique. En effet, les traits d’histoire de vie de l'anguille varient en fonction des conditions environnementales. Des tendances générales montrent une croissance plus rapide de l’anguille dans le sud de son aire de répartition, ainsi que dans les milieux saumâtres comparés à ceux d’eau douce. La majorité des études sur la croissance de l’anguille s’est concentrée sur les milieux d’eau douce, saumâtres ou marins de la façade atlantique, laissant les écosystèmes méditerranéens largement sous-étudiés. Les milieux lagunaires méditerranéens, qui favorisent la croissance rapide de l’anguille et possèdent un potentiel élevé de production de futurs géniteurs, joueraient un rôle essentiel dans la reconstitution du stock mondial. Au sein de ces milieux, la diversité des habitats présents, allant d'oligohalins à hyperhalins, contribue à l’expression d’une grande variabilité des traits d'histoire de vie de l’anguille. Cette thèse explore la croissance de l'anguille à l’intérieur d’un complexe lagunaire méditerranéen, le delta du Rhône (France), en étudiant l'influence du type d’habitat sur la production d'anguilles argentées, en termes de quantité et de qualité, et en examinant les tactiques d'utilisation de l’habitat par l'anguille durant sa croissance. Ces travaux se sont basés sur une variété de méthodes dont la modélisation, la schlérochronologie, les quantifications microchimiques, et les analyses écotoxicologiques et épidémiologiques. Cette approche multidisciplinaire a montré l’existence de sous-populations distinctes en termes d’abondance, de sex-ratio et de traits d’histoire de vie, avec une forte variabilité entre et au sein des sites étudiés. L’étang du Vaccarès, une lagune mésohaline à euhaline, semble offrir les meilleures conditions pour la production d’anguilles argentées, en bonne condition corporelle, un taux de croissance élevé, un âge à l’argenture précoce et une abondance significative en faveur des mâles. En revanche, les anguilles du canal d’eau douce du Fumemorte montrent les taux de croissance et les abondances les plus faibles avec un sex-ratio en faveur des femelles, mais des taux de survie élevés. La diversité des habitats dans le complexe lagunaire de Camargue apparaît essentielle pour maintenir la variabilité des traits d’histoire de vie de l’anguille. Certains habitats propices à la croissance de l’anguille sont fortement pollués, entraînant une contamination des individus, et souligne l'urgence d'améliorer la qualité de l'eau. Les connaissances acquises offrent une base de référence pour envisager des actions visant à améliorer la production d’anguilles en bonne condition corporelle et sanitaire, tout en tenant compte des spécificités des types d’habitat.

The European eel (Anguilla anguilla) is a panmictic species with a complex life cycle, breeding at sea and growing in continental waters over a vast area stretching from the coasts of North Africa to northern Europe. Like other diadromous migratory fish, it faces multiple threats. Since the 1980s, recruitment has declined by more than 95%. Listed as critically endangered, the eel has benefited since 2007 from a European regulation to rebuild its stock, with measures focused on increasing the number of silver eels, the future breeders. A better understanding of the growth of eels during their continental phase is crucial, as it is during this phase that effective management measures can be applied. During this phase, eels can colonise a wide variety of habitats, both within and between individuals, illustrating their remarkable phenotypic plasticity. Eel life history traits vary according to environmental conditions. General trends show that eels grow faster in the southern part of their range and in brackish environments compared to freshwater. Most studies on eel growth have focused on freshwater, brackish or marine environments along the Atlantic coast, leaving Mediterranean ecosystems largely understudied. Mediterranean lagoon environments, which are conducive to rapid eel growth and have a high potential for the production of future spawners, are thought to play a key role in the recovery of the global stock. Within these environments, the diversity of habitats present, ranging from oligohaline to hyperhaline, contributes to the expression of great variability in eel life history traits. This thesis examines eel growth within a Mediterranean lagoon complex, the Rhône Delta (France), by studying the influence of habitat type on silver eel production, both in terms of quantity and quality, and by examining the tactics of habitat use by eels during growth. This work was based on a variety of methods, including modelling, schlerochronology, microchemical quantification, ecotoxicological and epidemiological analyses. This multidisciplinary approach has revealed the existence of distinct subpopulations in terms of abundance, sex ratio and life history traits, with high variability between and within the sites studied. The Vaccarès lagoon, a mesohaline to euhaline lagoon, seems to offer the best conditions for the production of silver eels, with good body condition, high growth rate, early age at silvering and significant abundance in favour of males. In contrast, eels from the freshwater canal of Fumemorte show the lowest growth rates and abundances, with a sex ratio favouring females, but high survival rates. Habitat diversity in the Camargue lagoon complex appears to be essential for maintaining variability in eel life history traits. Some habitats suitable for eel growth are heavily polluted, leading to contamination of individuals and underlining the urgent need to improve water quality. The knowledge gained provides a basis for considering measures to improve the production of eels in good condition and health, taking into account the specific characteristics of each type of habitat.