EXPLORATION DU PAYSAGE TRANSCRIPTIONNEL D'ÉCHANTILLONS ENVIRONNEMENTAUX À PARTIR DE LONGUES LECTURES MÉTATRANSCRIPTOMIQUES

EXPLORING THE TRANSCRIPTIONAL LANDSCAPE OF ENVIRONMENTAL SAMPLES USING METATRANSCRIPTOMICS LONG READS

• Auteur / Autrice : Carmen Lafuente sanz
• Direction : France Denoeud, Jean-Marc Aury
• Type : Projet de thèse
• Discipline(s) : Biologie Computationnelle
• Date : Inscription en doctorat le 04/09/2023
• Etablissement(s) : université Paris-Saclay
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Structure et Dynamique des Systèmes Vivants
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Génomique métabolique - DRF/JACOB/Génoscope
• Partenaire(s) de recherche : Equipe de recherche : Laboratoire de Bioinformatique pour la Génomique et la Biodiversité
• Partenaire(s) de recherche : Référent : Université d'Évry-Val-d'Essonne (1991-....)

Mots clés

Mots clés libres

Longues-lectures transcriptomiques

Échantillons environnementaux

Paysage transcriptionnel

Épissage non canonique

Introns

Évolution

Long-read RNA sequencing

Environmental samples

Transcriptional landscape

Non canonical splice sites

Introners

Intron evolution

Résumé

Dans le cadre du réseau européen LongTREC (https://longtrec.eu/), notre projet a pour but d'utiliser directement des données omiques générées sur des échantillons environnementaux pour extraire des structures exon-intron complètes et des séquences codantes. Le séquençage à longues lectures, et notamment la technologie Nanopore, permet une telle stratégie, à condition de développer des pipelines adaptés. Notre approche consiste à aligner des lectures métatranscriptomiques sur des lectures métagénomiques et permettra de découvrir de nouveaux types d'introns et mécanismes d'épissage et de création d'introns dans le monde eucaryote marin encore peu exploré. Ce travail sera réalisé à une échelle sans précédent en profitant de l'échantillonnage massif réalisé dans les océans lors des expéditions Tara.

In the frame of the European network LongTREC (https://longtrec.eu/), our project represents the first attempt to use meta-omics data directly (with no assembly steps, and no reference genome) to obtain full exon-intron structures and coding sequences. We also propose to discover new introns and splicing mechanisms in the still poorly explored marine eukaryotic world. Nanopore long-read sequencing allows such a strategy, providing that we develop suitable pipelines. We expect to make major discoveries on splicing evolution and introns origins. This work will be made at an unprecedented scale and will take advantage of the large-scale sampling realized during Tara expeditions.