Ecologie et évolution de l'antibiorésistance en milieu lagunaire méditerranéen

Ecology and evolution of antibiotic resistance in a Mediterranean lagoon

• Auteur / Autrice : Bérénice Reggiardo
• Direction : Delphine Destoumieux-garzon, Viviane Boulo
• Type : Projet de thèse
• Discipline(s) : BDI-Ecologie de la santé et Epidémiologie
• Date : Inscription en doctorat le 02/10/2023
• Etablissement(s) : Université de Montpellier (2022-....)
• Ecole(s) doctorale(s) : École Doctorale GAIA Biodiversité, agriculture, alimentation, environnement, terre, eau (Montpellier ; 2015-...)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Interactions Hôtes-Pathogènes Environnements
• Partenaire(s) de recherche : Equipe de recherche : TReV - Transmission, Resistance and Virulence

Mots clés

Mots clés libres

Propagation environnementale

Génomique

Antibiorésistance

One Heath

Transfert horizontal

Réservoirs

Environmental spread

Horizontal gene transfer

Reservoirs

Genomics

One Heath

Antibiotic resistance

Résumé

Les lagunes côtières sont exposées à diverses sources de pollution microbiologique et chimique. D'un point de vue microbiologique, on observe une diversité de bactéries d'origine entérique (e.g. Escherichia coli) dans les lagunes qui viennent s'ajouter aux bactéries naturellement présentes dans les écosystèmes marins. Les contaminants chimiques que l'on retrouve dans les lagunes incluent des résidus médicamenteux, des métaux lourds et des pesticides, qui ont le potentiel de co-sélectionner des gènes de résistance aux antibiotiques. La résistance aux antibiotiques menace ainsi la santé des systèmes marins côtiers, la durabilité de la conchyliculture et potentiellement la santé humaine par la consommation de produits porteurs de germes résistants. Le projet Européen SPARE-SEA débuté en septembre 2021 met en œuvre une approche 'One Health' (une seule santé) pour identifier les facteurs environnementaux agissant sur la sélection et la propagation de la résistance aux antibiotiques dans l'environnement marin côtier ainsi que dans la faune sauvage et cultivée pour l'alimentation humaine. Quatre sites ostréicoles européens sont étudiés : le delta de l'Ebre (Espagne), l'étang de Thau (France), La rade de Brest (France) et la réserve de Sylt (Allemagne). Dans ces environnements nous avons identifié une grande diversité de gènes de résistance aux antibiotiques. Nous proposons dans cette thèse de nous concentrer sur des familles de gènes associées à des résistances qui pourraient impacter la santé humaine et animale et d'identifier leurs réservoirs environnementaux ainsi que l'influence de facteurs anthropiques et environnementaux sur leur sélection et leur propagation dans la lagune de Thau.

Coastal lagoons are exposed to various sources of microbiological and chemical pollution. A diversity of bacteria of enteric origin such as Escherichia coli are found in lagoons in addition to bacteria naturally present in marine ecosystems. Chemical contaminants include drug residues, heavy metals and pesticides, which have the potential to co-select antibiotic resistance genes. Antibiotic resistance thus threatens the health of coastal marine systems, the sustainability of shellfish aquaculture, and potentially human health through the consumption of products carrying resistant germs. The European SPARE-SEA project, which started in September 2021, uses a 'One Health' approach to identify the environmental factors influencing the selection and spread of antibiotic resistance in the coastal marine environment as well as in wild and cultured food animals. Four European oyster aquaculture sites are studied: the Ebro Delta (Spain), the Thau Lagoon (France), the Bay of Brest (France) and the Sylt Reserve (Germany). In these ecosystems we have identified a large diversity of antibiotic resistance genes. We propose in this thesis to focus on gene families associated with resistance that are problematic in terms of human and animal health and to identify their environmental reservoirs as well as the influence of anthropogenic and environmental factors on their selection and spread in the Thau lagoon.