Caractérisation de la régulation de l'épissage spécifique aux neurones de C. elegans par des approches transcriptomiques à longueur totale.

Characterization of C. elegans neuron-specific splicing regulation through full-length transcriptomic approaches.

• Auteur / Autrice : Carlos Vedor
• Direction : Denis Dupuy
• Type : Projet de thèse
• Discipline(s) : Génétique
• Date : Inscription en doctorat le 01/11/2023
• Etablissement(s) : Bordeaux
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Sciences de la vie et de la santé
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Mergny

Mots clés

Mots clés libres

Caenorhabditis elegans

Oxford Nanopore

Séquençage d'ARN

Paysage d'épissage

Caenorhabditis elegans

Oxford Nanopore

RNA sequencing

Splicing landscape

Résumé

Le travail récent du projet ''C. elegans Neuronal Gene Expression Map & Network'' (CeNGEN) a démontré la faisabilité de caractériser systématiquement le contenu en ARNm de neurones individuels chez C. elegans. Bien que les données de séquençage d'ARNsc soient une ressource considérable pour comprendre les réseaux de régulation transcriptionnelle, les auteurs ont noté que l'identification des isoformes épissées de manière alternative ne pouvait être réalisée que par le séquençage en ''bulk'' de types de neurones isolés. Dans ce projet, nous développerons 1) des stratégies pour produire des bibliothèques d'ADNc de cellules individuelles compatibles avec le séquençage direct d'ADNc à longue lecture (Nanopore), 2) Explorer la plasticité moléculaire des neurones responsables du toucher léger et des motoneurones grâce à la caractérisation complète de leur paysage d'épissage à différents stades de développement. Cela posera les bases pour l'identification de réseaux de régulation des facteurs d'épissage à l'aide d'approches génétiques et biochimiques. La co-occurrence de facteurs d'épissage et d'isoformes spécifiques d'ARNm fournira des hypothèses testables concernant leurs cibles putatives et leurs sites de liaison préférentiels d'ARN.

Recent work from the C. elegans Neuronal Gene Expression Map & Network (CeNGEN) Project demonstrated the feasibility of systematically characterizing the mRNA content of individual neurons in C. elegans. While the scRNA-seq data is a tremendous resource to understand transcriptional regulatory networks, the authors noted that the identification of alternatively spliced isoforms could only be achieved through bulk sequencing of isolated neuron types. In this project we will 1) develop strategies for producing single cell cDNA libraries compatible with long read direct cDNA sequencing (Nanopore), 2) Explore the molecular plasticity of the light touch response neurons and motorneurons through the comprehensive characterization of their splicing landscape at different developmental stages. This will provide the foundation for the identification of splicing factor regulatory networks using genetic and biochemical approaches. Co-occurrence of splicing factors and specific mRNA isoforms will provide testable hypotheses regarding their putative targets and preferred RNA binding sites.