Microbiome de la vigne dans le contexte de la maladie dévastatrice du tronc de la vigne, Esca.

Plant microbiome in the context of the devasting grapevine trunk disease, Esca.

• Auteur / Autrice : Karen Corrales Adame
• Direction : Remy Guyoneaud, Eleonore Attard
• Type : Projet de thèse
• Discipline(s) : Chimie
• Date : Inscription en doctorat le 22/09/2023
• Etablissement(s) : Pau
• Ecole(s) doctorale(s) : Sciences Exactes et leurs Applications
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Institut des sciences analytiques et de Physico-chimie pour l'Environnement et les Matériaux

Mots clés

Mots clés libres

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Résumé

Les Maladies du Tronc de la Vigne (MTD) sont devenues au cours des deux dernières décennies un sujet de préoccupation majeur pour la filière vitivinicole. Pour la seule période 2014-2017, les pertes estimées sont colossales : près de 12 % du vignoble français sont improductifs à cause des GTD, principalement des Esca, provoquant un manque à gagner d'un milliard d'euros. La maladie d'Esca est considérée comme le résultat de l'activité pathogène de plusieurs espèces fongiques, notamment l'espèce basidiomycète Fomitiporia mediterranea, responsable de la nécrose de la pourriture blanche. Le développement de ce Champignon pathogène est sous le contrôle de bactéries synergiques ou antagonistes normalement présentes dans la plante (endomicrobiome). Diverses pratiques culturales, de taille et de palissage, qualifiées de bénéfiques pour la santé et la production des plantes, sont mises en œuvre dans les vignobles pour réduire la propagation et le développement des GTD. Ces pratiques induisent des modifications sur le microbiome colonisant le bois de vigne. Dans un précédent projet, nous avons montré que les tailles intenses produisant de grosses plaies de taille près de la tête du tronc étaient plus souvent affectées par les GTD. Les expérimentations se poursuivent encore depuis 5 ans dans le vignoble Hennessy avec 2 modes de taille contrastés. L'objectif de ce projet de thèse est d'identifier l'étape clé où la dynamique fongique et bactérienne change dans les tissus du bois, (en faveur du développement de pathogènes). Le doctorant évaluera la diversité et les fonctions microbiennes à l'aide d'outils de métagénomique (séquençage d'amplicons/shotgun de communautés bactériennes et fongiques) puis analysées par analyse de réseau et bioinformatique.

Grapevine Trunk Diseases (GTDs) have become in the two last decades a subject of major concern for the wine industry. For 2014-2017 alone, the estimated losses are colossal: nearly 12% of French vineyards are unproductive due to GTDs, mainly Esca, causing one billion euros in shortfall. Esca disease is considered as the result of the pathogenic activity of several fungal species, notably the basidiomycete species Fomitiporia mediterranea, which causes the white-rot necrosis. The development of this pathogenic Fungi is under the control of synergistic or antagonistic bacteria that are normally present in the plant (endomicrobiome). A variety of cultural, pruning, and training practices, qualified as beneficial to plant health and production, are being implemented in vineyards to reduce GTDs spreading and development. These practices induce modifications on the microbiome colonizing the wood of grapevines. In a previous project, we showed that intense pruning producing big pruning wounds close to the trunk head, were more often affected by GTDs. The experiments are still ongoing for 5 years in the Hennessy vineyard with 2 contrasting pruning methods. The aim of this PhD project is to identify the key stage when the Fungal and bacterial dynamics changes in the wood tissues, i.e. fungal/bacterial biodiversity changes in favour of pathogen development. The PhD student will assess the microbial diversity and functions using metagenomics tools (amplicon/shotgun sequencing of bacterial and fungal communities) then analyzed using network analysis and bioinformatics.