COMPRENDRE L'ECHAPPEMENT VIRAL A L'IMMUNITE ET AUX ANTIVIRAUX A PARTIR DU SEQUENAGE DU GENOME ENTIER DU CYTOMEGALOVIRUS HUMAIN

UNDERSTANDING VIRALE ESCAPE TO IMMUNITY AND ANTIVIRAL FROM WHOLE GENOME SEQUENCING OF HUMAN CTOMEGALOVIRUS

• Auteur / Autrice : Alain Silvain
• Direction : Sophie Alain, Perrine Coste mazeau
• Type : Projet de thèse
• Discipline(s) : Biologie Chimie Santé mention Immunologie, oncologie, inflammation, infectiologie
• Date : Inscription en doctorat le 15/09/2023
• Etablissement(s) : Limoges
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Ω-LIM-Biologie-Chimie-Santé (Limoges ; 2022-)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Anti-Infectieux : supports moléculaires des résistances et innovations thérapeutiques

Mots clés

Mots clés libres

Cytomegalovirus

Genome

Sequencer

Immunite

Antiviraux

Cytomegalovirus

Genome

Sequencing

Immunity

Antivirals

Résumé

Deux missions complémentaires seront celles du doctorant, analyser la capacité de réactivation du CMV à partir de tissus greffés et ensuite analyser les facteurs génétiques viraux, responsables d'échappement thérapeutique par « whole genome NGS analysis» du genome du CMV. Les biopsies et les prélèvements seront in fine ceux des patients receveurs de greffe rénale suivis dans la cohorte HORUS et développant une infection à CMV. Cette cohorte se mettra en place fin 2023. Dans l'attente du recrutement de patients par Horus et de la collecte d'échantillons, le doctorant travaillera à l'optimisation des méthodes et se formera sur les prélèvements déjà disponibles au CNR Herpesvirus.

The PhD student will have two complementary missions: to analyze the reactivation capacity of CMV from transplanted tissues, and to analyze the viral genetic factors responsible for therapeutic escape by 'whole genome NGS analysis' of the CMV genome. Biopsies and samples will ultimately be taken from kidney transplant recipients being monitored in the HORUS cohort and developing CMV infection. This cohort will be set up at the end of 2023. While awaiting the recruitment of patients by Horus and the collection of samples, the PhD student will work on optimizing methods and training on samples already available at the CNR Herpesvirus.