Génomique comparative et fonctionnelle des entérovirus de l'espèce A

Comparative and functional genomics of species A enteroviruses

• Auteur / Autrice : Bélélé Bakyono
• Direction : Jean luc Bailly
• Type : Projet de thèse
• Discipline(s) : Microbiologie
• Date : Inscription en doctorat le 30/09/2023
• Etablissement(s) : Université Clermont Auvergne (2021-...)
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale des sciences de la vie, santé, agronomie, environnement (Clermont-Ferrand)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Laboratoire Microorganismes : Génome et environnement

Mots clés

Mots clés libres

Épidémiologie moléculaire

Évolution génomique

Génomique fonctionnelle

Séquençage NGS

Genomic evolution

NGS sequencing

Functional genomics

Molecular epidemiology

Résumé

UMR CNRS 6023 Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement, Clermont Université (D. Debroas) Directeur de thèse : Jean-Luc Bailly (MCU-HDR), co-directeur Maxime Bisseux (ingénieur) [e-mail] Génomique comparative et fonctionnelle des entérovirus de l'espèce A La pandémie de COVID-19 a permis aux virologistes du monde entier, de mettre en place le séquençage de génomes complets de virus en temps réels, et de montrer l'intérêt d'une surveillance génomique intense et planétaire. A défaut de prédire l'épidémie, la quantité sans précédente de données génétiques générées, a permis de comprendre l'épidémiologie du Sars-CoV-2. Cependant, ce travail n'a été effectué que pour ce virus model, et nécessiterai d'être étendu aux autres pathogènes. Grâce à une méthode d'amplification du génome complet des entérovirus mise au point par le laboratoire, nous sommes en mesure de mettre en place la surveillance génomique pour ces virus. Le projet a pour but 1) d'étudier la diversité génétique des entérovirus de l'espèce A circulant en France depuis 2016 et de caractériser les variations génétiques (mutations et recombinaisons) pouvant être importantes dans la dissémination épidémique des variants émergents ; 2) de rechercher les avantages réplicatifs que procurent ces modifications génétiques, aux souches épidémiques. Ce projet s'inscrit dans une étude à l'échelle globale du réseau Européen de surveillance de la circulation des Entérovirus (ENPEN) regroupant 30 sites répartis dans 17 pays Européens.

UMR CNRS 6023 Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement, Clermont Université (dir. D. Debroas) PhD supervisor: Jean-Luc Bailly (MCU-HDR), co-supervisor: Maxime Bisseux [e-mail] Comparative and functional genomics of species A enteroviruses The COVID-19 pandemic revealed challenges to virologists for the implementation of sequencing of whole SARS-CoV-2 genomes in real-time and use genomic information in worldwide public health surveillance systems. The unprecedented genome data generated was critical to inform the design of effective countermeasures including vaccines and diagnostics, and understand the epidemiology of SARS-CoV-2 and its variants. Genomic surveillance and epidemiology was not hugely implemented for other pathogens. Our laboratory developed a method for amplifying complete enterovirus genomes and we are able to set up genome surveillance for this virus group. The aims of the PhD thesis project are two-fold: 1) analyse the genetic diversity of species A enteroviruses reported in France since 2016 and characterise genetic variations (mutations et recombination) potentially involved in the epidemic spread of emerging variants, and 2) investigate replicative advantage of a selected genetic changes reported in epidemic virus strains. This project will be performed as part of a global surveillance program of the European non-polio enterovirus network (ENPEN) including 30 groups among 17 European countries.