Evaluation de la fréquence de la résistance aux fongicides dans les cultures en région Auvergne Rhône-Alpes et autres régions

Evaluation of the frequency of fungicide resistance in crops in the Auvergne Rhône-Alpes region and other regions

• Auteur / Autrice : Julie Muller
• Direction : Murielle Cornet, Delphine Aldebert
• Type : Projet de thèse
• Discipline(s) : BIS - Biotechnologie, instrumentation, signal et imagerie pour la biologie, la médecine et l'environnement
• Date : Inscription en doctorat le 02/05/2023
• Etablissement(s) : Université Grenoble Alpes
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale ingénierie pour la santé, la cognition, l'environnement
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Translational Innovation in Medicine and Complexity
• Partenaire(s) de recherche : Equipe de recherche : TrEE - Translational microbial Evolution and Engineering

Mots clés

Mots clés libres

Phytopathogène fongique

Microscopie à fluorescence

Résistance aux fongicides

Champignons filamenteux

Fungal phytopathogen

Fluorescence microscopy

Fungicide resistance

Filamentous fungi

Résumé

Dans l'agriculture, l'horticulture, la viticulture, l'industrie du bois et des matériaux de construction les moisissures phytopathogènes sont responsables d'une baisse importante des productions. Pour lutter contre ces moisissures le recours aux pesticides (fongicides) est de plus en plus important. Les phytopathogènes ont développé des résistances aux principales classes de fongicides (inhibiteurs de demethylase (DMI) ; benzimidazoles carbamates (MBC) ; inhibiteurs de quinolone (Qol) ; inhibiteurs de succinate dehydrogenase (SDHI). Ces résistances menacent la sécurité alimentaire et aussi la santé humaine puisque certains de ces champignons (surtout Aspergillus fumigatus) peuvent aussi infecter l'homme et donc présenter des résistances croisées entre fongicides et antifongiques humains. En France, le niveau de résistance à au moins une classe de fongicides des principaux champignons phytopathogènes (Botrytis cinerea, Phytophthora infestans, Plasmopara viticola, Erysiphe necator, Zymoseptoria tritici, Pyrenophora teres) est élevé (> 50%). Toutefois les fréquences des souches multiresistantes (à au moins deux classes de fongicides) sont peu décrites. Les objectifs de ce programme de thèse PHYTOFONG sont : - Evaluer la fréquence des multirésistances aux fongicides chez les principaux champignons phytopathogènes et chez les Aspergillus fumigatus dans les parcelles agricoles en région Auvergne Rhône-Alpes et dans d'autres régions. - Comparer les fréquences de resistances dans les parcelles traitées et non traitées par des fongicides - Déterminer plus spécifiquement la fréquence des résistances des A. fumigatus aux molécules azolées. - Développer un nouveau test automatisé de détection des résistances des champignons phytopathogènes aux fongicides

In agriculture, horticulture, viticulture, the wood industry and building materials, phytopathogenic moulds are responsible for a significant drop in production. To combat these moulds, the use of pesticides (fungicides) is becoming increasingly important. Phytopathogens have developed resistance to the main classes of fungicides (demethylase inhibitors (DMI); benzimidazole carbamates (MBC); quinolone inhibitors (Qol); succinate dehydrogenase inhibitors (SDHI). These resistances threaten food safety and also human health since some of these fungi (especially Aspergillus fumigatus) can also infect humans and therefore present cross-resistance between fungicides and human antifungals. In France, the level of resistance to at least one class of fungicides of the main phytopathogenic fungi (Botrytis cinerea, Phytophthora infestans, Plasmopara viticola, Erysiphe necator, Zymoseptoria tritici, Pyrenophora teres) is high (>50%). However the frequency of multi-resistant strains (to at least two classes of fungicides) is poorly described. The objectives of this PHYTOFONG thesis programm are: - To evaluate the frequency of multiresistance to fungicides in the main phytopathogenic fungi and in Aspergillus fumigatus in agricultural plots in the Auvergne Rhône-Alpes region and in other regions of France. - To compare the frequency of resistance in fungicide-treated and untreated plots - To determine more specifically the frequency of resistance of A. fumigatus to azole molecules. - To develop a new automated test for detecting resistance of phytopathogenic fungi.