Thèse en cours

Le rôle de l'évolution somatique dans le développement humain normal et pathologique
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Auteur / Autrice : Augustin Chen
Direction : Amaury LambertStéphanie Baulac
Type : Projet de thèse
Discipline(s) : Gene, omiques, bioinformatique et biologie des systemes
Date : Inscription en doctorat le 01/09/2022
Etablissement(s) : Université Paris sciences et lettres
Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Frontières de l'innovation en recherche et éducation
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Centre Interdisciplinaire de Recherche en Biologie (Paris)
établissement opérateur d'inscription : Collège de France (1530-....)

Résumé

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Au cours des dernières décennies, d'immenses efforts ont été investis pour décrire les programmes de différentiations cellulaires à la base du développement multicellulaire. Nous avons désormais des connaissances assez précises du profil transcriptomique de chaque cellule composant les différents organes. Cependant, nos connaissances sur les liens de parenté entre ces mêmes cellules sont très limitées. Très récemment, quelques études ont montré de manière indépendante qu'un arbre généalogique des cellules d'un même individu (phylogénie cellulaire) peut être reconstruit à partir des mutations qui apparaissent spontanément dans le corps au cours du développement (mutations somatiques), permettant ainsi pour la première fois d'étudier comment les cellules ségréguent pour former les différentes parties du corps humain au cours du développement. Une frappante découverte commune à toutes ces études fut que les premières cellules ne contribuent pas de manière égale à la formation du corps humain. En effet, la contribution des premières cellules varie fortement entre individus mais aussi entre les différents organes d'un même individu. L'origine de cette variabilité est inconnue. Mon projet de thèse a pour objectif d'inférer les mécanismes à l'origine de ces différences en contributions à partir de phylogénies cellulaires. Plus précisément, je prévois d'utiliser divers outils de modélisation mathématiques pour estimer la part de cette variabilité due 1) à des ségrégations cellulaires aléatoires 2) à la mort de populations spécifiques de cellules (sélection somatique). J'appliquerai ce modèle non seulement au développement humain normal mais aussi dans le cadre de malformations du cerveau associées à de l'épilepsie.