Développement d'une stratégie combinant les couplages SFC, LC et IMS à la spectrométrie de masse tandem haute résolution pour une analyse lipidomique exhaustive et non biaisée de matrices complexes

Development of a strategy combining SFC, LC and IMS coupling with high resolution tandem mass spectrometry for comprehensive and unbiased lipidomic analysis of complex matrices

• Auteur / Autrice : Marie Valmori
• Direction : David Touboul
• Type : Projet de thèse
• Discipline(s) : Chimie
• Date : Inscription en doctorat le 01/10/2022
• Etablissement(s) : université Paris-Saclay
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Sciences chimiques : molécules, matériaux, instrumentation et biosystèmes (Orsay, Essonne ; 2015-....)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : LCM Laboratoire de Chimie Moléculaire
• Partenaire(s) de recherche : Référent : Université Paris-Saclay. Faculté des sciences d’Orsay (Essonne ; 2020-....)

Mots clés

Mots clés libres

Lipidomique

Acquisitions Indépendantes des Données

Spectrométrie de Masse à Haute Résolution

Techniques Chromatographiques

Mobilité Ionique

Lipidomics

Data Independent Acquisition

High Resolution Mass Spectrometry

Chromatography techniques

Ion Mobility

Résumé

Ce sujet de thèse vise à développer des nouvelles approches analytiques dans le cadre d'analyses lipidomiques par spectrométrie de masse haute résolution (HRMS). En complément des approches ciblées basées sur la simple mesure de masse précise ou l'acquisition en mode dépendant de la donnée (DDA), l'acquisition indépendante des données (DIA) a connu un fort essor en protéomique augmentant significativement les couvertures de séquence et le nombre de protéines identifiées. Néanmoins, cette méthode nécessite l'accès à de larges bases de données de spectres de fragmentation des biomolécules d'intérêt expliquant leur faible utilisation en métabolomique, et plus particulièrement en lipidomique. En effet, les bases de données en lipidomique sont lacunaires qu'elles soient expérimentales ou provenant de calculs in silico. Ce projet de thèse a pour objectif d'acquérir des données structurales sur chaque classe de lipides (HRMS/MS, temps de rétention normalisés en LC et SFC et section efficace de collision) afin de créer une base de données robuste pour le traitement des données DIA, d'évaluer les logiciels de déconvolution des données DIA et ainsi démontrer que cette approche est plus efficace que les autres méthodes non ciblées actuellement utilisées en lipidomique.

This thesis aims at developing new analytical approaches in the field of lipidomics by mass spectrometry. In addition to targeted approaches based on exact mass measurement or data-dependent acquisition (DDA), data independent acquisition (DIA) has experienced a strong growth in proteomics significantly increasing the sequence coverage and the number of identified proteins. Nevertheless, this method requires access to fragmentation databases of the biomolecules of interest, explaining why its use in metabolomics, and more particularly in lipidomics, is still limited. Indeed, the databases in lipidomics are incomplete whether they are experimental or from in silico calculations. The objective of this thesis project is to acquire structural data on each class of lipids (HRMS/MS, normalized retention times in LC and SFC and collision cross section) in order to create a robust database for the processing of DIA data, to evaluate software for deconvolution of DIA data and thus demonstrate that this approach is more efficient than other non-targeted methods currently used in lipidomics.