Développements de modèles statistiques pour l'analyse et l'intégration de données omiques longitudinales, application aux photogranules

Development of statistical models for the analysis and integration of longitudinal omics data, application to photogranules

• Auteur / Autrice : Camille Guilmineau
• Direction : Rémi Servien
• Type : Projet de thèse
• Discipline(s) : Statistiques et Sciences des Données
• Date : Inscription en doctorat le 03/10/2022
• Etablissement(s) : Université de Montpellier (2022-....)
• Ecole(s) doctorale(s) : École Doctorale Information, Structures, Systèmes
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : LBE - Laboratoire de Biotechnologie de l'Environnement

Mots clés

Mots clés libres

Modélisation

Biostatistique

Données omiques

Modeling

Biostatistics

Omics data

Résumé

La première partie de la thèse visera à développer un modèle longitudinal, permettant d'étudier les variations d'un métabolome (mesuré par RMN) au cours du temps. Ce modèle multivarié permettra de s'affranchir des habituelles études univariées, métabolite par métabolite. Enfin, la seconde partie de cette thèse, visera à étendre ce modèle de manière à pouvoir réaliser de l'intégration de données omiques, en intégrant en plus des données métabolomiques des données métagénomiques et métatranscriptomiques. Ces développements méthodologiques seront ensuite appliqués au cadre du cycle de vie des photogranules oxygénés, dans le cadre de l'ANR JCJC PANORAMICS et les modèles développés seront intégrés dans des packages R.

The first part of the thesis will aim at developing a longitudinal model, allowing to study the variations of a metabolome (measured by NMR) over time. This multivariate model will allow to get rid of the usual univariate studies, metabolite by metabolite. Finally, the second part of this thesis will aim at extending this model in order to be able to integrate omic data, by integrating metagenomic and metatranscriptomic data in addition to metabolomic data. These methodological developments will then be applied to the life cycle framework of oxygenated photogranules, within the framework of the ANR JCJC PANORAMICS and the developed models will be integrated into R packages.